北京大學(xué)創(chuàng)辦于1898年，初名京師大學(xué)堂，是中國第一所國立綜合性大學(xué)，也是當(dāng)時中國最高教育行政機關(guān)。辛亥革命后，于1912年改為現(xiàn)名。
作為新文化運動的中心和“五四”運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學(xué)思想的發(fā)祥地，作為中國共產(chǎn)黨最早的活動基地，北京大學(xué)為民族的振興和解放、國家的建設(shè)和發(fā)展、社會的文明和進步做出了不可替代的貢獻，在中國走向現(xiàn)代化的進程中起到了重要的先鋒作用。愛國、進步、民主、科學(xué)的傳統(tǒng)精神和勤奮、嚴謹、求實、創(chuàng)新的學(xué)風(fēng)在這里生生不息、代代相傳。
1917年，著名教育家蔡元培出任北京大學(xué)校長，他“循思想自由原則，取兼容并包主義”，對北京大學(xué)進行了卓有成效的改革，促進了思想解放和學(xué)術(shù)繁榮。陳獨秀、李大釗、毛澤東以及魯迅、胡適等一批杰出人才都曾在北京大學(xué)任職或任教。
1937年盧溝橋事變后，北京大學(xué)與清華大學(xué)、南開大學(xué)南遷長沙，共同組成長沙臨時大學(xué)。不久，臨時大學(xué)又遷到昆明，改稱國立西南聯(lián)合大學(xué)。抗日戰(zhàn)爭勝利后，北京大學(xué)于1946年10月在北平復(fù)學(xué)。
中華人民共和國成立后，全國高校于1952年進行院系調(diào)整，北京大學(xué)成為一所以文理基礎(chǔ)教學(xué)和研究為主的綜合性大學(xué)，為國家培養(yǎng)了大批人才。據(jù)不完全統(tǒng)計，北京大學(xué)的校友和教師有400多位兩院院士，中國人文社科界有影響的人士相當(dāng)多也出自北京大學(xué)。
改革開放以來，北京大學(xué)進入了一個前所未有的大發(fā)展、大建設(shè)的新時期，并成為國家“211工程”重點建設(shè)的兩所大學(xué)之一。
1998年5月4日，北京大學(xué)百年校慶之際，國家主席江澤民在慶祝北京大學(xué)建校一百周年大會上發(fā)表講話，發(fā)出了“為了實現(xiàn)現(xiàn)代化，我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學(xué)”的號召。在國家的支持下，北京大學(xué)適時啟動“創(chuàng)建世界一流大學(xué)計劃”，從此，北京大學(xué)的歷史翻開了新的一頁。
2000年4月3日，北京大學(xué)與原北京醫(yī)科大學(xué)合并，組建了新的北京大學(xué)。原北京醫(yī)科大學(xué)的前身是國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校，創(chuàng)建于1912年10月26日。20世紀三、四十年代，學(xué)校一度名為北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院，并于1946年7月并入北京大學(xué)。1952年在全國高校院系調(diào)整中，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)，獨立為北京醫(yī)學(xué)院。1985年更名為北京醫(yī)科大學(xué)，1996年成為國家首批“211工程”重點支持的醫(yī)科大學(xué)。兩校合并進一步拓寬了北京大學(xué)的學(xué)科結(jié)構(gòu)，為促進醫(yī)學(xué)與人文社會科學(xué)及理科的結(jié)合，改革醫(yī)學(xué)教育奠定了基礎(chǔ)。
近年來，在“211工程”和“985工程”的支持下，北京大學(xué)進入了一個新的歷史發(fā)展階段，在學(xué)科建設(shè)、人才培養(yǎng)、師資隊伍建設(shè)、教學(xué)科研等各方面都取得了顯著成績，為將北大建設(shè)成為世界一流大學(xué)奠定了堅實的基礎(chǔ)。今天的北京大學(xué)已經(jīng)成為國家培養(yǎng)高素質(zhì)、創(chuàng)造性人才的搖籃、科學(xué)研究的前沿和知識創(chuàng)新的重要基地和國際交流的重要橋梁和窗口。