中心是全供事業(yè)單位，設(shè)置辦公、人事保衛(wèi)等公共科室4個，業(yè)務(wù)科室9個，具體包括：公衛(wèi)監(jiān)測科、傳染病科、寄生蟲病科、免疫規(guī)劃科、性艾防治科、地方病科、職業(yè)病防治科、衛(wèi)生檢測檢驗中心和健教與慢性病防治所。南陽市疾控中心肩負(fù)著全市1050多萬人口的疾病預(yù)防控制工作，特別是作為國家“南水北調(diào)”中線工程的水源地，是河南省水質(zhì)監(jiān)測工作的重點地區(qū)。承擔(dān)著國家、省食品污染及有害因素監(jiān)測、食源性疾病監(jiān)測等檢測任務(wù)，是河南省食品安全風(fēng)險監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)重點實驗室。病源實驗室承擔(dān)著全市各種常規(guī)、突發(fā)、新發(fā)傳染病檢測。目前中心實驗室建筑總面積2610平方米，包括理化實驗室870平方米，微生物與流病實驗室1740平方米，占單位建設(shè)總面積30.4%；中心現(xiàn)有萬級潔凈實驗室2個，共40平方米，二級生物安全實驗室(BSL-2) 5個，共240平方米，PCR實驗室(4個分區(qū))1套共80平方米。