2003年，根據(jù)國家衛(wèi)生防疫體制改革要求，在原樂山市衛(wèi)生防疫站基礎上重新組建樂山市疾病預防控制中心,在衛(wèi)生行政部門的領導下，具體實施政府對疾病預防控制、衛(wèi)生監(jiān)督執(zhí)法技術支撐、健康教育、應用性研究的職能。中心現(xiàn)有在職職工102人，專業(yè)技術人員71人。其中高級專業(yè)技術人員13人，中級專業(yè)技術人員27人，碩士研究生6名。中心實驗室占地近2000平方米，現(xiàn)有理化實驗室、微生物實驗室以及臨床檢驗實驗室，擁有熒光定量PCR儀、全自動血球分析儀、全自動生化分析儀、蛋白印跡儀、流式細胞儀、全自動細菌鑒定儀、全自動加樣系統(tǒng)、全自動分液系統(tǒng)、氣相色譜儀、液相色譜儀、原子吸收光譜儀、離子色譜儀、紫外分光光度儀、ICP等先進的檢測儀器設備。近幾年，中心又先后投入數(shù)百萬元建設了食品檢驗室、水質檢驗室、碘分析室、精密儀器室、百級潔凈室、萬級潔凈室、衛(wèi)生細菌檢驗室、腸道病原菌檢驗室、分子生物學實驗室、流式細胞檢測室、艾滋病篩查確證實驗室、流感培養(yǎng)實驗室（負壓）以及結核藥敏實驗室（負壓）。中心通過實驗室計量認證，取得了職業(yè)衛(wèi)生技術服務機構資質證書、職業(yè)健康檢查機構資質證書、職業(yè)病診斷機構資質證書，全省率先開展公共場所集中空調(diào)通風系統(tǒng)衛(wèi)生學評價，艾滋病實驗室是全省最早開展艾滋病確認的市級實驗室。中心按照《疾病預防控制機構建設若干規(guī)定》對市級疾控中心的要求開展了疾病控制、衛(wèi)生應急、免疫規(guī)劃、健康危害因素監(jiān)測、健康體檢、檢驗檢測等各項業(yè)務工 作。其中艾滋病防治工作成績突出，在國內(nèi)外有一定的知名度，每年均有來自國內(nèi)外的組織或代表團來我中心考察觀摩艾滋病防治工作。