中心于2002年3月28日在原濟南市衛生防疫站基礎上組建而成，是濟南市政府對社會實施疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的公益性事業單位。為適應新時期疾控工作的任務和要求，進一步建立符合疾病預防控制工作特點的管理體制和運行機制，2021年9月完成中心科所調整。現有13個職能部室、20個業務科所及工會、團委、婦委會3個群團組織。中心不斷加強疾病預防綜合控制能力建設，加快濟南市預防醫學研究院和山東大學附屬疾控中心，建立院士工作站和泉城學者工作站，是國家人體生物樣品監測項目重點實驗室、全國環境與健康研究基地、全國環境健康風險評估試點、全國疾病預防控制信息化試點，是山東大學、山東第一醫科大學、悉尼大學等高等院校實踐教學基地。中心先后獲評全國衛生系統先進集體、全國抗震救災醫藥衛生先進集體、全國艾滋病防治工作先進集體、全國科普教育基地、全國巾幗文明崗、全國新疆脊灰防控工作先進單位、山東省富民興魯勞動獎狀、山東省抗擊新冠肺炎疫情先進集體等470余項榮譽。