盡管呂祖謙一生屢遭不幸，但在學業上體現的那種寬宏函容和兼收并蓄的精神，仍使他獨樹一幟，成為南宋一位重要學者和思想家。清代學者全祖望在校補《宋元學案》的過程中，很能發現呂祖謙為學的特點，他說：“宋乾、淳以后，學派分而為三：朱學也，呂學也，陸學也。三家同時，皆不甚合。朱學以格物致知，陸學以明心，呂學則兼取其長，而復以中原文獻之統潤色之。門庭徑路雖別，要其歸宿于圣人則一也。”他還說：“小東萊之學，平心易氣，不欲逞口舌以與諸公角，大約在陶鑄同類以漸紀其偏，宰相之量也。”這確是呂祖謙的風格和為學特點，而表現這一風格和為學特點的，莫過于他促成了朱、陸的“鵝湖之會”。

　　所謂“鵝湖之會”，是指以朱熹為首和以陸九淵為首的兩個針鋒相對的學派，于淳熙二年（1175）在江西信州鵝湖寺舉行的一次辯論會，這是我國哲學史和思想史上一次重要的聚會，為時三天，于當年六月八日結束。《象山全集》所附《年譜》，引有陸九淵門人朱亨道的一段話：“鵝湖講道，切誠當今盛事。伯恭蓋慮陸與朱議論猶有異同，欲會歸于一，而定其所適從，其意甚善，伯恭蓋有志于此。語自得，則未也。”呂祖謙自己亦曾回憶此事說：“某留建寧凡兩月余，復同朱元晦至鵝湖，與二陸及劉子澄諸公相聚切磋，甚覺有益。元晦英邁剛明，而工夫就實入細，殊未可量；子靜亦堅實有力，但欠開闊耳。”一個“就實入細”，一個“欠開闊耳”，一褒一貶，判然分明。足見就總體來說，呂祖謙是傾向于朱熹，而對陸九淵是有所批評的。

　　呂祖謙十分注意讀史。朱熹對呂學有所評述。一次，門人黃義剛向老師“問東萊之學”。朱熹便回答他：“伯恭于史分外仔細，于經卻不甚理會。”又一次，朱熹問他的門弟子吳必大：“向見伯恭，有何說？”必大回答：“呂丈勸令看史。”朱熹對此很不滿意，發議論說：“他此意便是不可曉！某尋常非特不敢勸學者看史，亦不敢勸學者看經。只《語》、《孟》亦不敢便教他看，且令看《大學》。伯恭動勸人看《左傳》、遷《史》，令子約諸人抬得司馬遷不知大小，恰比孔子相似！”這里朱熹的意見顯然十分偏頗，既不勸學者讀史，也不勸學者看經，甚至連《論語》、《孟子》“也不敢便叫他看”，而只令“看《大學》”一種，也不過是自己的一己之見，并沒有什么十足的道理可言。

　　呂祖謙既重視讀史，他勸人看《左傳》、讀《史記》便是理所當然的了。呂祖謙十分重視通史，他留下的未竟史著《大事記》12卷（通釋3卷，解題12卷），就是一部本擬“起春秋，后訖于五代”的編年體通史。可惜天不假年，他只寫到漢武帝征和三年便去世了。不過，從他留下的這部分書看，這是一部嚴謹的史著，連對呂祖謙教人讀史頗有微詞的朱熹也不得不承認，“其書甚妙，考訂得子細”。這部書，每個事目都注明出典，如周敬王四十一年（即魯哀公十六年），“夏四月，孔子卒”。便注明：“以魯史、《左傳》修。”每條都如此，一絲不茍。本書另附通釋3卷，解題12卷。呂祖謙說：“《大事記》者，列其事之目而已，無所褒貶抑揚也。熟復乎通釋之所載，則其統紀可考矣。解題蓋為始學者設，所載皆職分之所當知，非事雜博、求新奇，出于人之所不知也……凡所記大事無待箋注者，更不解題。”可見解題就是箋注讀這一條應當掌握的知識。仍以上條“孔子卒”為例，解題說：“魯史、《左傳》皆書己丑。杜預曰，四月十八日乙丑，無己丑；己丑五月十二日，日月必有誤。孔子生于魯襄公二十二年，至是年七十三。”這的確都是“職分之所當知”的事。而通釋，則正如陳振孫所說，是“經典綱要，孔孟格言，以及歷代名儒大議論”。“學者考通釋之綱，玩解題之旨，斯得先生次輯之意云”。

　　呂祖謙于讀史極下功夫，有《十七史詳節》273卷傳世。誠如清代四庫館臣所說：其書“所錄大抵隨時節鈔，不必盡出精要”。看來這是呂祖謙讀史時隨手抄出的，具有選本性質，故得流傳。

　　另一較有影響的史著是《東萊博議》，又稱《左氏博議》，雖是“為諸生課試之作”，卻多有呂祖謙的真知灼見。全書共4卷，選《左傳》文66篇，分析透徹，議論明達，不少地方，闡發了他卓越的史學思想。如在《曹劌諫觀社》一文，呂祖謙便盛贊了史官的直筆。他說：“當是時，人君之言動，史官未有不書者。為君者視以為當然而不怒，為史者視以為當然而不疑，此三代之遺直也。其后管仲之戒齊桓也，曰作而不記，非盛德也。管仲之所言雖是，而已開作而不記之端也。又其后，周王之私犒晉使也，曰，非禮也，勿籍。周王之所舉已非，而且顯然戒史官以勿籍矣。然一時之史官世守其職，公議雖廢于上，而猶明于下。以崔杼之弒齊君，史官直書其惡，殺三人而書者踵至。身可殺而筆不可奪，鈇鉞有敝，筆鋒益強。威加一國，而莫能增損汗簡之半辭，終使君臣之分、天高地下，再明于世，是果誰之功哉！”又說：“使其阿諛畏怯，君舉不書，簡編失實，無所考信，則仲尼雖欲作《春秋》以示萬世，將何所據乎？無車則造父不能御，無弓則后羿不能射，無城則墨翟不能守。大矣哉，史官之功也！”這種對古代史官的高度評論，在理學大盛的南宋，可謂不同凡響，反映了呂祖謙重視史學、重視文獻有征的求實精神。

　　呂祖謙在任史官時，曾參與編修《徽宗皇帝實錄》200卷，又曾奉旨校正《圣宋文海》，這就是由他重新編選的《宋文鑒》。這部書共150卷，所涉詩文集800余家。其書“斷自中興以前”，保存了北宋大量的詩文。呂祖謙曾對他的侄子呂喬年說：“國初文人尚少，故所取稍寬。仁廟以后，文士輩出，故所取稍嚴，如歐陽公、司馬公、蘇內翰、黃門諸公之文，俱自成一家，以文傳世，今姑擇其尤者，以備篇帙。或其人有聞于時，而其文不為后進所誦習，如李公擇、孫莘老、李泰伯之類，亦搜求其文，以存其姓氏，使不湮沒。或其嘗仕于朝，不為清議所予，而其文自亦有可觀，如呂惠卿之類，亦取其不悖于理者，而不以人廢言。”都可見呂祖謙在選文時的良苦用心。此書初成，朱熹并無贊辭，但晚年經過仔細研讀，卻說：“此書編次，篇篇有意……其所載奏議，皆系一代政治之大節，祖宗二百年規模，與后來中變之意思，盡在其間，讀者著眼便見。”足見本書的編選是極有功力的。

　　家世顯赫

　　生于宋高宗紹興七年三月十七日（1137年4月9日）。他出身官宦世家。九世祖呂夢奇，唐末五代時東萊人，曾任后唐戶部侍郎，乃呂蒙正、呂蒙亨之祖父；八世祖呂龜祥，殿中丞，知壽州，遂家于壽州；七世祖呂蒙亨，官至大理寺卿，其從父兄呂蒙正，為宋太宗太平興國二年（977年）狀元；六世祖呂夷簡、五世伯祖呂公弼、五世祖呂公著，皆曾入朝為宰相。高祖呂希哲，自其以下，包括曾祖呂好問、伯祖呂本中、祖呂弸中、父呂大器等，皆為朝廷命官。如此一代一代連續不斷地在朝為官，在宋以前和以后的歷朝中不多見。

　　呂氏家族除官位顯赫外，學業上也頗有建樹，清人王梓材在校訂《宋元學案·范呂諸儒學案》所加按語說：

　　“謝山（按指全祖望）《札記》：‘呂正獻公家登學案者七世十七人。’考正獻子希哲、希純為安定（按指胡瑗）門人，而希哲自為《滎陽學案》。滎陽子切問，亦見學案。又和問、廣問及從子稽中、堅中、弸中，別見《和靖（按指尹焞）學案》。滎陽孫本中及從子大器、大倫、大猷、大同為《紫微學案》。紫微之從孫祖謙、祖儉、祖泰又別為《東萊學案》。共十七人，凡七世。然滎陽長子好問，與弟切問歷從當世賢士大夫游，以啟紫微，不能不為之立傳也。”

　　足見呂氏家學之深厚。全祖望的計算尚不準確，呂氏家族當入學案（指《宋元學案》）的，七世尚不止17人。所以《宋史·呂祖謙傳》說：“祖謙之學本之家庭，有中原文獻之傳。”

　　呂祖謙原籍壽州（治今安徽鳳臺），生于婺州（今浙江金華）。建炎年間，其曾祖父呂好問攜全家避難南遷，宦游婺州，至其祖父呂弸中始定居其地。當時，學人多稱其伯祖呂本中（1084年—1145年）為“東萊先生”，呂祖謙則稱為“小東萊先生”。到了后世，一般均稱呂祖謙為“東萊先生”了。

　　少時科試

　　呂祖謙在《除館職謝政府啟》中，對自己作了如下概括：“自其少時既奪移于科試，及乎壯齒，又堙廢于隱憂，竟失全功，徒憐初志。”這是頗合實際情況的。呂祖謙兒時，隨父親在福建任所，他先從師于林之奇，后隨父至臨安，又從師于汪應辰和胡憲。林之奇字少穎，一字拙齋，學者稱三山先生，是呂祖謙伯祖呂本中的門弟子。據《宋元學案》稱，呂本中“教之以廣大為心，以踐履為實，稱高弟”。從這個意義上說，呂祖謙又成了他伯祖呂本中的再傳弟子，足見其在學業上，受其伯祖影響最深。據《宋元學案》稱：“先生于學，博綜諸家。”這對呂祖謙有至關重要的影響。胡憲字原仲，是著名學者胡安國的侄子，從胡安國學，因居住在籍溪，故自號籍溪先生。“先生質本恬淡，而培養深固。平居危坐植立，時然后言。望之枵然，如槁木之枝，而即之溫然。雖當倉卒，不見其有疾言遽色。人或犯之，未嘗校也。”這些個人修養，亦對呂祖謙有很大影響。

　　紹興十八年（1148年）四月，呂祖謙祖父呂弸中致仕，呂祖謙得恩補為將仕郎。

　　紹興二十七年（1157年），改為迪功郎，監潭州南岳廟。

　　紹興三十一年（1161年），為右迪功郎，授嚴州桐廬縣尉，主管學事。這時，他才二十五歲。但呂祖謙并未看重這些官職，他甚至并沒有去上任，而一心要走科舉入仕的道路。

　　宋孝宗隆興元年（1163年），呂祖謙終于實現了他的愿望。這年四月，先考中博學宏詞科，接著又中進士。孝宗特下詔“減二年磨勘，堂除差遣”。史臣在這里還特別注明：“祖謙既中選，賜同進士出身，相繼放進士榜，又登上第，故有是命。”呂祖謙由此而特授左從政郎，改差南外敦宗院宗學教授。其制詞說：“爾兩科皆優選，宜有以旌其能，資敘超升，是亦常典，可特授左從政郎，差遣如故。”看來仕宦的生涯已向呂祖謙展開了坦途，但他的命運不濟，實際上，他所謂的“隱憂”也隨之到來了。就在呂祖謙連中兩科的前一年，即紹興三十二年（1162年），他的妻子韓氏（韓元吉之女）去世，所生男亦夭折。

　　乾道二年（1166年）十一月，他的母親去世，歸葬婺州。由于為母親守喪，他只得以教授學子為業。

　　乾道五年（1169年），他再娶韓氏（為原配之妹），并到嚴州任所。

　　乾道六年（1170年），他升任太學博士，并兼國史院編修官、實錄院檢討官。次年（1171年）五月，第二任妻子韓氏又去世，所生女亦夭折，在精神上給呂祖謙帶來了極大痛苦。

　　乾道八年（1172年），父親因病告歸，并以這年二月去世。在守喪的三年中，他仍以教授學子和著述為事。

　　淳熙三年（1176年），守喪期滿，因李燾的推薦，升任秘書省秘書郎，并兼國史院編修官與實錄院檢討官。這一年，正四十歲。這時，他已疾病纏身。

　　淳熙四年（1177年），又娶芮氏為妻。

　　淳熙六年（1179年）七月二十八日，其妻芮氏又去世，這一年他四十二歲。

　　淳熙八年（1181年）七月二十九日（9月9日），呂祖謙病故，享年四十五歲。嘉定九年（1216年）正月，宋寧宗賜呂祖謙謚號為“成”。

　　嘉熙二年（1238年），宋理宗改謚呂祖謙為“忠亮”。后追封開封伯。景定二年（1261年），配享孔廟。