舒亶在烏臺詩案的表現歷來成為他人生的污點。舒亶的行為固然有“過頭”之處，特別是將蘇軾的一些詩句與文章“上綱上線”，確實有悖“君子之道”，為后世所鄙視。但是，他與蘇軾主要是由于政見與觀念不同而導致的矛盾。蘇軾看到了新法實行中的弊端，看到了變法帶來的混亂，因此以詩歌形式表達他的意見。而舒亶積極贊成并參與變法，且性格執拗，在他看來，蘇軾雖名高天下，但反對變法、詆毀皇帝就是大罪，就是犯法。

　　此外，彈劾張商英一事，也反映出舒亶類似的文人品性。張商英是新黨的重要人物，為四川新津人，與舒亶同為新黨中的王（安石）黨30人之列，是有恩于舒亶的同黨中人。據《宋史》記載，這位權重位高的新黨領袖人物，給了舒亶一封信，并將女婿的文章讓舒亶指點，結果舒亶不僅不予指點，而且“恩將仇報”，將張商英的信和女婿文章送到皇帝那里，并彈劾張商英以宰輔之重干擾諫官的工作。結果張商英被免職貶為江陵稅官。世人由此認定舒亶是恩將仇報的奸人。

　　據歷史資料研究與分析，這件事很可能是《宋史》作了假。《宋史》為元脫脫主編，在二十四史中差錯最多，特別是有關舒亶的主要材料取自《邵氏見聞錄》，而此書是邵伯溫所作，邵伯溫是一個充滿偏見并偏執的舊黨人物，因而此書對新黨人物的記載就極不真實。好在同一時代的文獻《東軒筆記》記載了這件事，其過程相似，但原因卻完全不同。

　　原來張商英要女婿在科舉考試中順利中舉，就想借用舒亶之力，所以寫信暗示，另送文章給他以作聯絡。讓張商英想不到的是，舒亶因品性使然，不想因私情而讓“有關部門”幫助，從而失去其監察的獨立性和公正性。所以他在奏書中寫上自己的反感。最后張商英的這種行為受到懲處。

　　敢作敢為的舒亶被連續委以重任，朝中大臣多怕他彈劾，一些朝官對以舒亶為首的御史臺也多有不滿。《宋史》載：“舉劾多私，氣焰熏灼，見者側目，獨憚王安禮。”“多私”未必，但這個時期的舒亶意氣飛揚倒很可能是事實，因為他正處在仕途的黃金時期。但由于得罪的人太多，他的仕途不久便黯然中止。

　　元豐六年，任翰林的舒亶因論奏朝廷錢糧等事與尚書省產生矛盾。也許是神宗為了平衡新舊兩黨的力量，發話說：“身為執法而罪妄若是，安可置也。命追兩秩，勒停。”舒亶就這樣被罷免了。盡管以“微罪”罷免，但朝廷一片歡呼，因為對朝官而言，少一個比較會“尋麻煩”的人畢竟不是壞事。當時對此事的記載是“雖坐微罪廢斥，然遠近稱快”。

　　舒亶黯然回鄉，遷居鄞縣。那一年他僅42歲，正是人生的黃金時期。于是他遷居于鄞縣的月湖畔，名其居曰“懶堂”，一個“懶”字，很可能蘊含著他心中的憤懣與不平？自此后終神宗一朝，沒有再被起用。直至紹圣元年，53歲的舒亶才被起用為官，后為朝廷帶兵平定了一些地方的反叛，鞏固地方統治。崇寧二年，舒亶生病死于軍中，終年62歲。