軍事

　　西平巴蜀

　　東晉政權地處上江下游，若欲長治久安，必須依賴上游的巴蜀地區。只有上游可靠，下游才會安全。蜀滅于魏，孫吳遂難自保，“一片降幡出石頭”，東晉不可不鑒。巴蜀地區戰略地位重要，則消滅成漢政權也就勢所必然。

　　永和二年（346年）十一月，桓溫率軍西征，并于次年（347年）三月攻克成都，逼降成漢末代皇帝李勢，隨即又平定李勢舊部鄧定、隗文的反叛。成漢政權割據蜀地四十四年，至此而亡。西征的勝利，不但使桓溫威名日盛，也為日后的北伐行動提供了穩固的后方，增強了國力。

　　北伐中原

　　永和十年（354年），桓溫北伐前秦，兵鋒直指霸上，逼得前秦皇帝苻健退守長安內城。永和十二年（356年），桓溫進兵河南，在伊水擊敗羌帥姚襄，收復舊都洛陽。但他太和四年（369年），桓溫北伐前燕，一直打到枋頭，距前燕國都鄴城只有二百多里，還收復了淮水以北的廣大地區，可惜最終以失敗告終。

　　桓溫三次北伐是王導“克復神州”口號的付諸實踐，恢復了部分失地，打擊了氐族、羌族、鮮卑族的統治者殘暴統治，并以實際行動支持了北方各族人民的反壓迫斗爭，這些是符合當時中原人民愿望的。

　　政治

　　疏陳七事

　　桓溫在進行北伐的同時，深感朝廷“外難未弭，內弊交興”，曾提出著名的《七項事宜疏》：

　　抑制朋黨，杜絕因政見不同而相互傾軋；

　　合并、裁撤冗余的官職；

　　重視機要政務，對公文案卷的處理要限制時日；

　　明確長幼之禮，獎勵忠實、公正的官吏；

　　褒獎懲罰，應與事實相符；

　　繼承、遵守古制，弘揚學業；

　　選派史官，編修晉書。

　　推行土斷

　　東晉朝廷渡江以來，對北來流民采取優待政策，并設置大量的僑州郡縣（僑州、僑郡、僑縣）予以安置，稱為僑人。僑人的戶籍稱為白籍，不算正式戶籍，也不負擔國家的賦役。世族地主利用特權，蔭庇大量流民，侵占良田，逃避賦役。自咸和年間起，東晉政府開始實行土斷，撤銷僑置郡縣與僑籍，通過清查戶口讓僑民入當地戶籍，同時擔負課稅與徭役，以穩定國家稅收。

　　興寧二年（364年）三月初一（庚戌日），桓溫受命主持土斷，史稱“庚戌土斷”。他不斷土斷僑居人戶，對世族貴戚隱占人口也進行糾查，對隱匿戶口的予以懲處。彭城王司馬玄因違禁藏匿流民五戶，被下廷尉問罪。僅會稽郡便“亡戶歸口三萬余口”。這次土斷卓有成效，使僑戶上籍納租，限制了士族特權，增加了政府租稅調役的來源，還大大提高了東晉的經濟與軍事實力，為太和四年的伐燕之戰，以及后來的淝水之戰的勝利奠定了基礎。

　　提拔人才

　　東晉是典型的門閥政治，世族門閥完全壟斷中央政權。九品中正制成為門閥貴族仕進、升遷和壟斷政治的工具，進一步確立了“舉賢不出世族，用法不及權貴”的政治準則，導致了“貴仕素資，皆由門慶，平流進取，坐至公卿”的現象。高門士族世代擔任高官美職，寒門地主則無進升之階。但桓溫卻能夠招納士人、任賢使能，他主要：

　　尋訪隱逸之士：兩晉時期，很多志士仁人修身自保，“藏聲江海之上，卷跡囂氛之表”。僅據《晉書·隱逸列傳》記載，桓溫便曾先后推薦、拜訪孟陋、譙秀、瞿硎先生。?

　　辟舉寒門士人：車胤的父親只是一名郡主簿，但因學習刻苦，能辨識義理，得到桓溫所重，被辟為從事。

　　重用中級士族子弟：習鑿齒只是荊楚鄉豪出身，卻因“博學洽聞，文筆著稱”，被桓溫辟為從事。?

　　敬重高門士族中賢達而有才干的人：謝安是晉代名相，出身謝氏高門，早年隱居不出，桓溫數次征召，終于將他請出，加以重用。此外，袁宏、顧愷之等人皆是高門出身，都曾得到桓溫的器重。

　　對新征服地區，從“行陣”、“亡虜”之內提拔賢良：桓溫平蜀后將成漢舊臣王誓、王瑜、鄧定、常璩等人辟為參軍。

　　書法

　　桓溫工書法，長于行草，字勢遒勁，有王羲之、謝靈運之余韻，有《大事帖》傳世。唐代竇臮所著《述書賦》，收錄有晉代六十三位書法家，其中便有桓溫。明代陶宗儀的《書史會要》也將桓溫列入其中。

　　桓溫軼事典故編輯 桓溫入峽之嘆

　　桓溫率軍征蜀，進入三峽，看到陡峭的山壁好像懸掛在天上，翻騰的波濤迅猛飛奔，不禁嘆息道：“既然要做忠臣，就不能做孝子，有什么辦法呢？”他的意思是做忠臣就不能貪生怕死。

　　金城泣柳

　　桓溫第二次北伐時，途經金城（僑瑯琊郡郡治，今江蘇句容北），看見自己早年擔任瑯琊內史時栽種的柳樹已經有十圍那么粗壯，感慨道：“木猶如此，人何以堪！”他攀著樹枝，捉住柳條，不禁泫然淚下。

　　斥責袁宏

　　桓溫北伐經過淮泗時，與屬下僚屬登上船樓，遙望中原，感嘆道：“神州淪陷，中原化為廢墟，王衍等人難逃罪責。”袁宏卻道：“國家命運本來就有興有廢，又怎能說是王衍等人的過錯呢。”桓溫聞言色變，道：“我聽說從前劉表有一只千斤重的大牛，吃的草料豆餅十倍于常牛，但載重走遠路，還不如一只羸弱的母牛。魏武帝進入荊州，就把它殺了犒勞軍士。”他是將袁宏比作大而無用的劉表牛。滿座賓客無不駭然。

　　自比劉琨

　　桓溫自認為雄姿英發，常以劉琨自比。他曾在北方得到一個老婢，曾是劉琨的家伎。老婢一見桓溫，便潸然淚下，道：“您長得很像劉司空。”桓溫大喜，連忙整理衣冠，問她哪里像。老婢答道：“臉龐很像，就是薄了點；眼睛很像，就是小了點；胡須很像，就是紅了點；身材很像，就是矮了點；聲音也很像，就是雌了點。”桓溫悵然若失，“褫冠解帶，昏然而睡”，好幾日都悶悶不樂。

　　流芳遺臭

　　桓溫素懷野心，曾躺在床上對親信道：“如果一直這么默默無聞，將來死后定會被文景（指從曹魏手里奪得天下的晉景帝司馬師、晉文帝司馬昭）所笑話。”他隨即霍然坐起，又道：“一個人若不能流芳百世，那就應該遺臭萬年。”

　　猶患其重

　　桓溫擔任荊州刺史時，一心想在江漢地區施行德政，不想靠酷刑威懾百姓。令史受杖刑，木棒只是從官服上擦過。桓式對桓溫道：“剛才我從官署門前經過，看到令史受刑，木棒舉起時拂過云彩，落下時掠過地面。”他是在譏諷根本沒有打到。桓溫卻道：“我還擔心打得厲害了呢。”

　　寧為管仲

　　王珣曾問桓溫：“箕子與比干，行事雖有不同，用心卻都一樣。不知您肯定誰，否定誰？”桓溫道：“同樣被稱為仁人，那我寧愿做管仲。”

　　翣如母狗

　　王導與殷浩辯論，桓溫、王濛、王述、謝尚都在座。王導感嘆道：“剛才我們的談論，竟然到了不知義理源流歸屬的地步。至于文辭，我們是不相上下的，正始年間王弼、何晏之間談玄，可能也就這樣了。”次日，桓溫對人道：“作業聽殷、王二人清談，非常美妙。謝仁祖也不感到寂寞，我也時時心有所得。回頭再看看王濛和王述，就跟身上插著漂亮羽毛扇的母狗一樣。”他是在譏諷王濛二人不懂裝懂。

　　哪得坐談

　　一次，桓溫雪天打獵，碰到王濛、劉惔等人。劉惔見桓溫一身戎裝，問：“老賊欲持此何作？”桓溫說：“我若不為此，卿輩那得坐談？”

　　戲弄劉惔

　　桓溫去探望名士劉惔，看到劉惔躺在床上，便用彈弓打他的枕頭。結果彈丸迸碎在褥子上。劉惔勃然大怒，起身說道：“使君，這樣你就能在戰斗中獲勝嗎？”他是在譏諷桓溫當兵出身，做事不離本行。桓溫臉色非常不滿。?

　　不能語卿

　　曾經有人向桓溫請教謝安、王坦之二人的高下。桓溫剛想說，又后悔了，道：“你喜歡傳別人的話，我不能告訴你。”

　　家世出身

　　根據《晉書》記載，桓溫是東漢大儒桓榮之后。但據歷史學家田余慶考證，桓溫的高祖（或高伯祖、高叔祖）是三國時期在嘉平之獄中被司馬氏誅殺的曹魏大司農桓范。

　　譙國龍亢桓氏淪為刑家，在西晉并非高門望族。桓彝南渡后交結名士，躋身江左八達之列，并“志在立功”，曾與明帝密謀平定王敦之亂，使得家族地位有所上升。桓溫是桓彝長子，未滿周歲時便得到名士溫嶠的贊賞，因此以“溫”為名。

　　早期事跡

　　咸和三年（328年），桓彝在蘇峻之亂中被叛軍將領韓晃殺害，涇縣縣令江播也曾參與謀劃。當時桓溫年僅十五歲，枕戈泣血，誓報父仇。咸和六年（331年），江播去世。其子江彪等兄弟三人為父守喪，因怕桓溫前來尋仇，預先在喪廬內備好兵器，以防不測。桓溫假扮吊客，混入喪廬，手刃江彪，并追殺其二弟，終報父仇，由此為時人所稱許。

　　桓溫為人豪爽，姿貌偉岸，風度不凡，后娶南康長公主為妻，加拜駙馬都尉，并襲父爵為萬寧縣男。

　　咸康元年（335年），桓溫出任瑯琊內史（相當于太守）。后加輔國將軍。

　　出鎮荊州

　　建元元年（343年）七月，朝廷以桓溫為前鋒小督、假節，讓他率部據守臨淮（今江蘇盱眙），協助荊州刺史庾翼北伐。同年十月，桓溫升任徐州刺史，并都督青徐兗三州諸軍事。他與庾翼交好，曾相約一同匡濟天下。

　　永和元年（345年），庾翼病逝，臨終前請求讓兒子庾爰之接掌荊州，但輔政的侍中何充卻推薦桓溫。丹楊尹劉惔認為桓溫確有奇才，但亦有野心，不能讓其掌握荊州形勝之地。他建議會稽王司馬昱自領荊州，但司馬昱卻不肯采納。同年八月，桓溫升任安西將軍、荊州刺史，持節都督荊司雍益梁寧六州諸軍事，并領護南蠻校尉，掌握了長江上游的兵權。

　　掌握朝政

　　平定蜀地

　　桓溫出鎮荊州后，打算西伐占踞巴蜀的成漢政權，以建立功勛。而當時的成漢正日漸衰微，皇帝李勢更是荒淫無道。江夏相袁喬對此極力贊同，建議桓溫率領一萬精兵輕軍速進，直攻成都。同時，他認為北方的后趙政權不敢趁機進犯，以打消桓溫的顧慮。桓溫遂決定伐蜀。

　　永和二年（346年）十一月，桓溫上疏朝廷，請求伐蜀，但未等朝廷回復，便與征虜將軍周撫、輔國將軍司馬無忌率軍西進。他命袁喬率二千人為前鋒。朝廷得知后，憂慮不已，認為他兵力過少，又深入險要偏遠的蜀地，擔心他最終會兵敗而回。唯有劉惔認為桓溫必能滅蜀。

　　永和三年（347年）二月，桓溫兵至青衣（今四川名山北）。李勢命將領李福、昝堅率大軍趕赴合水，以抵御晉軍。漢軍諸將欲在江南設伏，昝堅卻從江北鴛鴦琦渡江，向犍為（今四川彭山東）開進，結果與晉軍異道而行。同年三月，桓溫兵至彭模（今四川彭山東南），留下參軍周楚、孫盛看守輜重，自己親率步兵直趨成都。李福回軍襲擊彭模，被孫盛等人擊退。而桓溫則三戰三勝，擊敗李權等部漢軍，進逼至成都城下。

　　昝堅趕到犍為，未遇晉軍，便從沙頭津（今四川新津南）渡江還軍，卻得知晉軍已攻至成都城外十里陌，因此不戰自潰。李勢只得集結所有兵力，在成都城外的笮橋與晉軍決戰。當時戰況慘烈，晉軍前鋒失利，參軍龔護戰死，漢軍的箭矢甚至射到了桓溫的馬前。諸將皆懼，意欲退兵，而鼓吏卻在這時誤擊前進鼓。袁喬乘勢督促軍士奮戰，終于反敗為勝，大敗漢軍。桓溫趁勝攻入成都，并焚毀小城。李勢乘夜逃走，遠遁九十里，最終決定投降。桓溫接受投降，將李勢送往建康。成漢政權至此滅亡。

　　桓溫平蜀后，在當地舉任賢能，援引賢才為己用，將成漢舊臣王誓、王瑜、鄧定、常璩等人辟為參軍，成功安撫蜀地。但王誓、鄧定不久便舉兵叛亂，最終都被晉軍討平。桓溫在蜀地留駐一個月，便班師返回江陵（今湖北江陵）。

　　永和四年（348年），朝廷封賞平蜀之功，欲封桓溫為豫章郡公，卻被尚書左丞荀蕤勸止。最終，桓溫被封為征西大將軍、開府儀同三司、臨賀郡公。

　　逼廢殷浩

　　平蜀之戰使得桓溫聲名大振，朝廷忌憚不已，擔心他日后難以控制。會稽王司馬昱只得讓揚州刺史殷浩參與朝政，以期能對桓溫有所抑制。桓溫雖有不滿，但因熟知殷浩為人，知其難有作為，對此并不擔心。當時，桓溫治下有八州之地，自行招募軍卒、調配資源，逐漸形成半獨立狀態，漸露不臣之心。朝廷對他已不能征調如意，但求羈縻而已。因國中無事，君臣尚能相安。

　　永和五年（349），后趙皇帝石虎病死，北方形勢大亂。桓溫立刻上疏朝廷，請求北伐，但卻始終未得回復。永和七年（351年）十二月，桓溫再次“拜表輒行”，率五萬大軍順流而下，至武昌（今湖北鄂城）而止。朝廷為此驚恐不安，殷浩也打算辭官避讓。司馬昱親自寫信給桓溫，極力勸阻，終使桓溫率軍還鎮，返回荊州。后來，朝廷又拜桓溫為太尉，被桓溫拒絕。

　　此后兩年間，殷浩數次北伐，欲進據洛陽，修復園陵，但卻屢次戰敗。軍需物資更被掠奪殆盡，朝野怨恨不已。永和十年（354年）正月，桓溫上奏朝廷，列舉殷浩罪狀，迫使朝廷將殷浩廢為庶人。從此，朝廷內外大權盡歸桓溫，朝中已無人再能阻止桓溫北伐。

　　三次北伐

　　一伐前秦

　　永和十年（354年）二月，桓溫率軍北伐前秦。他親率步騎四萬自江陵出發，由水路自襄陽入均口（今湖北均縣西），然后自淅川（今河南淅川東）直趨武關（今陜西丹鳳東南），同時命梁州刺史司馬勛兵出子午道，合擊秦軍。晉軍歷經數次血戰，生擒前秦將領郭敬，擊退淮南王苻生，順利進入關中。前秦皇帝苻健命苻萇、苻雄、苻菁等將領率五萬軍隊屯兵峣柳（今陜西商縣西北），以阻擋晉軍。同年四月，桓溫轉戰至灞上（今陜西西安東）。苻萇等部秦軍退守長安城南，苻健自領羸兵六千固守內城，附近郡縣更是紛紛來降。桓溫撫喻百姓，使其安居復業。關中百姓牽牛擔酒沿路迎接，許多老人更是疼哭失聲：“沒想過今天還能再次見到官軍！”

　　桓溫進入關中時，正值麥收時節，他就打算就地收麥，以解決軍糧問題，于是屯兵不前。苻健聞聽晉軍收糧，猜到恒溫軍中糧草不足，遂采取堅壁清野的方式，使得晉軍糧秣不繼。六月，桓溫被迫撤返江陵，并將關中三千多戶百姓一同遷走。秦軍隨后趁勢追擊，晉軍大敗，傷亡甚眾。

　　桓溫北伐期間，隱居關中的王猛曾前來拜見，并大談當世之事，旁若無人，深得桓溫的賞識。桓溫撤退時邀請王猛一同南下，并任命他為高官督護。但王猛卻不肯跟隨，留在了北方。

　　二伐姚襄

　　永和十二年（356年）二月，桓溫數次上表，請求朝廷移都洛陽，修復園陵，但都沒有得到朝廷同意。不久，朝廷拜桓溫為征討大都督，都督司、冀二州諸軍事，負責征討事宜。七月，桓溫自江陵出兵再次北伐，并命督護高武據守魯陽（今河南魯山），輔國將軍戴施屯駐河上，進逼許昌、洛陽。同時，他上疏朝廷，請求徐、豫二州出兵淮、泗，進入黃河，以配合作戰。

　　同年八月，桓溫兵至伊水（在今洛陽城南）。羌族首領姚襄正圍困洛陽，聞桓溫來攻，撤軍而回，在伊水之北拒水而戰。桓溫親自披甲督戰，命晉軍結陣而進，終于大破姚襄，收復洛陽。他進入金墉城，拜謁先帝皇陵，并設置陵使修復皇陵。不久，桓溫班師南回，并將三千多家歸降百姓南遷至長江、漢水一帶。

　　桓溫返回荊州后，先后命部將剿平蠻賊文盧、妖賊李弘，將首級傳送建康（今江蘇南京）。但與此同時，收復的司隸、豫州、青州、兗州等地再次失陷。升平四年（360年），朝廷封桓溫為南郡公，并將其原有爵位臨賀郡公降為縣公，封授給其次子桓濟。

　　移鎮姑孰

　　隆和元年（362年），前燕將領呂護進攻洛陽。河南太守戴施棄城而逃，冠軍將軍陳祐遣使告急。五月，桓溫派竟陵太守鄧遐率三千人協助守城，再次上表要求遷都洛陽，并建議將永嘉之亂后流亡江南者全部北徙，以充實河南之地，皆被朝廷駁回。后來，朝廷又以交州、廣州偏遠為由，免去桓溫的交廣二州都督，改授其為都督并司冀三州諸軍事。桓溫上表推辭。

　　興寧元年（363年），朝廷加授桓溫為侍中、大司馬、都督中外諸軍事、假黃鉞，賜其羽葆鼓吹一部。二年（364年），桓溫率水師進駐合肥，準備北伐。五月，朝廷進封桓溫為揚州牧、錄尚書事，遣侍中顏旄宣旨，召其入朝參政。桓溫以中原尚未恢復為由推托。朝廷不許，再次征桓溫入朝，但當桓溫赭圻（今安徽繁昌西）時，卻又尚書車灌前來制止。桓溫遂駐軍赭圻，上表辭去錄尚書事一職，只遙領揚州牧。興寧三年（365年），前燕再次攻打洛陽，陳祐出逃。司馬昱得知，與桓溫在洌洲（在今安徽和縣）會面，命他移鎮姑孰（今安徽當涂），準備征討之事，但最終因晉哀帝駕崩而作罷。

　　太和三年（368年），桓溫獲加殊禮，位在諸侯王之上。遂駐軍赭圻，上表辭去錄尚書事一職，只肯遙領揚州牧。

　　三伐前燕

　　太和四年（369年）三月，徐兗二州刺史郗愔致信桓溫，表示愿意與他共同輔佐王室，請求率部出河上。當時，北府兵卒悍勇，桓溫不愿讓郗愔掌握京口（今江蘇鎮江）重鎮。郗愔之子郗超為桓溫參軍，暗中將原信毀掉，并以父親的名義偽造信件，自稱老病，請以閑職休養。桓溫便順勢改任郗愔為會稽內史，自領徐兗二州刺史，兼并了郗愔的軍隊。

　　同年四月，桓溫親率步騎五萬，與江州刺史桓沖、豫州刺史袁真一同北伐前燕。他率軍攻湖陸，擒獲燕將慕容忠，進逼金鄉。當時正逢大旱，水道不通，桓溫便讓人在鉅野開鑿水路三百里，使船只由清水進入黃河。郗超建議桓溫盡率全軍直擊前燕國都鄴城，或者堅守河道，控制漕運，儲蓄糧食，直至明年夏天再繼續進攻。他認為如不速戰速決，當戰事拖延至秋冬后，在水量減少而北方早降溫的客觀條件之下，會令晉軍更難維持。但桓溫全都不聽。

　　七月，燕國大將慕容垂、傅末波等人率八萬大軍前來抵抗晉軍，兩軍對峙于枋頭（在今河南浚縣）。桓溫命袁真進攻譙、梁，并打開石門水道。但袁真始終無法開通石門，最終晉軍軍糧耗盡。九月，桓溫焚毀戰船，退軍而去。慕容垂率八千騎軍追趕，與晉軍戰于襄邑（今河南睢縣西）。桓溫大敗，死傷三萬人。

　　晚年弄權

　　攻陷壽春

　　桓溫兵敗后，退至山陽（今江蘇淮安），收集散卒，并將戰敗之罪委于袁真。他上疏朝廷，請廢袁真為庶人。袁真不服，據壽春（今安徽壽縣西南）叛變，并暗中勾結前秦、前燕。朝廷不但不敢追究桓溫的兵敗之責，還命侍中羅含帶著牛酒到山陽犒勞桓溫，并任命其子桓熙為豫州刺史。后來，桓溫又移鎮廣陵（今江蘇揚州）。

　　太和五年（370年）二月，袁真病死，部將朱輔擁立其子袁瑾為豫州刺史。前燕、前秦都遣軍援助袁瑾，桓溫命部將竺瑤、矯陽之率軍迎戰。燕軍先至，在武丘（今河南沈丘東南）與竺瑤交戰，結果大敗而回。同年八月，桓溫率二萬軍隊攻打壽春，并筑起長圍，將城池團團圍困。袁瑾只得嬰城固守。

　　太和六年（371年），前秦將領王鑒、張蠔率軍援救袁瑾，結果被桓溫部將桓伊、桓石虔（桓溫之侄）擊敗。不久，桓溫攻破壽春，俘獲袁瑾，將袁瑾、朱輔及其宗族數十人全部送往建康斬首。袁瑾妻女被賞賜將士，所侍養的數百乞活軍則被活埋。從此，豫州徹底落入桓溫之手。桓溫掌握了進入建康的鎖鑰。

　　廢帝立威

　　桓溫自負才能過人，久懷異志，因此發動北伐希望先建立功勛，然后回朝接受九錫，從而奪取政權。但因第三次北伐失敗，聲望大減，圖謀不成。壽春之戰后，桓溫曾問郗超道：“這次勝利能雪枋頭兵敗之恥嗎？”郗超則表示不能，并建議桓溫效仿伊尹、霍光，廢立皇帝，以重立威權。桓溫遂決定廢黜皇帝司馬奕。

　　太和六年（371年）十一月，桓溫帶兵入朝，威逼褚太后廢除司馬奕的帝位。他誣稱司馬奕因陽痿不能生育，讓寵臣相龍、計好、朱炅寶等人與后宮美人私通，所生三子將冒充皇子建儲為王。褚太后只得集百官于朝堂，下詔廢司馬奕為東海王。而后，桓溫親率百官至會稽王邸，迎司馬昱入朝，擁立為帝，是為晉簡文帝，改元咸安。

　　晉朝開國百余年，從未發生廢立之事。桓溫擅行廢立，不僅令百官震栗，自己也緊張不已。前秦皇帝苻堅對此不以為然，他道：“桓溫此前敗于灞上，而今又敗于枋頭，十五年內兩次使國家軍隊遭受重大打擊。不但不反思過錯，向百姓謝罪，竟還廢黜君主。六十歲的老叟如此舉動，如何自容于天下？”

　　清除異己

　　桓溫廢立后，對朝中的異己力量大加廢徙。

　　武陵王司馬晞好習武事，又在朝中擔任太宰重職，素為桓溫所忌。桓溫以“聚納輕剽，苞藏亡命”為由彈劾司馬晞，免去司馬晞與其子司馬綜、司馬囗的官職，讓他們返回封地。后來，桓溫又逼新蔡王司馬晃自首，稱與司馬晞、司馬綜、著作郎殷涓、太宰長史庾倩、散騎常侍庾柔等人謀反，將他們收付廷尉，請予誅殺。簡文帝不許。最終，司馬晞、司馬晃被廢為庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族誅。潁川庾氏是高門望族，勢力強盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆為朝中顯貴，深為桓溫所忌。庾倩、庾柔被誅后，庾蘊飲鴆自盡，庾希則與弟弟庾邈、兒子庾攸之逃入海陵（今江蘇泰州）陂澤。青州刺史武沈是庾希表兄，暗中為他供應糧餉。庾友因兒媳桓氏是桓溫侄女，得到求情，最終得以幸免。

　　咸安二年（372年），桓溫得知庾希兄弟的蹤跡，派軍隊搜捕。庾希遂與武沈之子武遵在海邊聚眾搶奪船只，乘夜攻入京口，趕跑晉陵太守卞耽。他們打開監獄，放出數百囚徒，發放兵器，宣稱奉密旨除桓溫。卞耽逃往曲阿（今江蘇丹陽），征發諸縣鄉兵兩千人，與庾希對抗。庾希戰敗，退守城池。桓溫又命東海太守周少孫征討。周少孫攻克京口，擒獲庾希等人。最終，庾希、庾邈、武遵以及子侄、部眾全被斬于建康。

　　桓溫誅除庾氏，威勢極盛。侍中謝安見而遙拜，更以君臣稱作二人關系。而簡文帝雖被立為皇帝，但卻形同傀儡，常擔心被桓溫廢黜，甚至向郗超詢問桓溫是否會再行廢立。郗超以家族百口擔保不會再發生政變，簡文帝這才稍微安心。

　　拒不入朝

　　簡文帝繼位不久，便進封桓溫為丞相，留其在京師輔政。桓溫辭讓不受，率軍返回白石（今安徽當涂西），還鎮姑孰。后來，簡文帝又派侍中王坦之征召桓溫，請其入朝輔政，并增食邑萬戶。桓溫再次推辭。

　　咸安二年（372年）七月，簡文帝病重，急召桓溫回朝，并在一晝夜內連發四道詔書。桓溫仍推辭不肯入朝。簡文帝只得傳下遺詔，讓桓溫攝政，效仿周公。但侍中王坦之卻據理力爭，將遺詔中的“攝政”改為“輔政”，依照諸葛亮、王導舊例。隨即，簡文帝駕崩。桓溫原以為簡文帝臨死會禪位給自己，或讓自己攝政，而今大失所望，怨憤不已。

　　簡文帝駕崩后，群臣懼于桓溫，不敢擁立太子，都認為應請桓溫決定。尚書仆射王彪之極力反對，太子司馬曜方才得以繼位，是為晉孝武帝。褚太后認為孝武帝年幼，且正在居喪期間，再次提議讓桓溫攝政，結果被王彪之阻止。后來，孝武帝又命謝安征桓溫入朝輔政，并加其前部羽葆鼓吹，賜武賁六十人。桓溫仍舊辭讓，既不接受，也不入朝。

　　病重而死

　　寧康元年（373年）二月，桓溫帶兵入朝，拜謁皇陵。當時，京中流言四起，都說他此次入京是要誅除王謝、顛覆晉朝。朝廷命謝安、王坦之率百官到新亭（今南京西）迎接，拜于道側，朝中位望稍高者皆驚慌失措。但桓溫卻只以“盧悚入宮”一案，將尚書陸始收付廷尉。不久，桓溫患病，返回姑孰，前后在京不過十四天。

　　桓溫回到姑孰后，病漸沉重，但仍逼朝廷加其九錫之禮，并多次派人催促。謝安、王坦之見桓溫病重，以袁宏所撰錫文不好為由命其修改，借此拖延。同年七月，桓溫姑孰病逝，終年六十二，至此錫文仍未完成。朝廷追贈桓溫為丞相，謚號宣武，喪禮依照安平獻王司馬孚、霍光舊例，又賜九旒鸞輅、黃屋左纛等物。

　　桓溫死后，將兵權交付弟弟桓沖，南郡公爵位則由幼子桓玄襲封。世子桓熙不服，遂與叔父桓秘、弟弟桓濟謀殺桓沖，結果被桓沖發覺，都被流放長沙。元興二年（403年）十一月，桓玄代晉稱帝，建立桓楚，追尊桓溫為宣武皇帝，廟號太祖，墓為永崇陵。