早年生活
　　吳澄出身于一個普通知識分子家庭。據危素《吳文正公年譜》和虞集《吳公行狀》記載，其祖父吳擇為人寬厚，不屑細務，擅長于詩賦寫作，又粗通天文星歷之學。父親吳樞性格溫純，對人誠實謙讓，與世無爭；平日樂善好施，熱心幫助他人。有一年，其鄉瘟疫流行，醫生懼怕疾病傳染，居然不敢為患者治病，以至于病災日益嚴重，弄得有些人全家老小臥床不起。吳樞眼看這種情況，心中十分著急。他遍尋民間秘方，連日上山采集藥草，親手煎成湯藥，挨門挨戶送給病人服用，為不少家庭解除了疾苦，使許多患者重新恢復了健康。鄉里有些窮人死后無錢辦喪事，吳樞便慷慨解囊，盡力周濟。一個人做幾件好事并不難，難的是一輩子做好事。吳樞難能可貴的就是他一貫關心和同情窮苦人家，終生以助人為樂，由此深受鄉里人尊敬和愛戴。這個有一定文化教養和優良道德傳統的家庭，對吳澄的一生無疑產生了良好而深遠的影響。　宋理宗淳祐九年（1249）正月十九日，吳澄誕生了。他從3歲開始，穎異日發，與一般兒童迥然不同。當時，祖父特別喜歡他，經常教他讀一些古詩，幾乎隨口便能成誦。祖父見他悟性甚高，更加鐘愛。日復一日，吳澄漸漸可以背誦好幾百篇古詩，家里人無不為此而感到莫大高興，深信他將來必定會有大作為。母親游夫人曾帶著他去鄰村玩耍，有一位老奶奶見到吳澄十分可愛，便送給他一些錢幣和水果。吳澄恭恭敬敬地向老奶奶道了謝，隨即收下了這些禮物。過了一會兒，他想到老奶奶年邁體衰，生活艱辛，自己實在不應該接受老人家贈送的禮物。于是，他滿懷內疚，悄悄把錢幣和水果放還老奶奶家里，才跟隨母親默默地離開了鄰村。
　　寶祐元年（1253），吳澄剛剛進入5歲。家里人從外地聘請了一位老師，專門為吳澄授課。在老師的教導下，吳澄愈加穎敏異常，讀書即使是一千多字的篇幅，只要讀上兩三遍，就能夠牢記不忘。自此以后，他整天專務學習，勤奮不懈，讀書常常通宵達旦。母親游夫人擔心兒子過分勤學會損傷身體，引發疾病，便定量供給吳澄讀書所用燈油，只許他讀至半夜時分，適可而止。吳澄的求知欲非常強烈，他嗜書如命，哪能忍受母親這種約束，于是暗地到街市買回一些燈油，以滿足自己熬夜讀書的需要。每天晚上，他先按照母親規定的時間熄燈，等到母親就寢以后，又悄悄燃燈苦讀，并小心翼翼地把燈光遮蔽起來，避免母親發覺。
　　這樣，通過日積月累，吳澄讀了大量書籍。7歲時，對《論語入《孟子》以及“五經”（《詩》、《書》、《易》、《札》、《春秋》都能全部背誦，而且還學會了做詩，又能寫作進士賦。9歲那一年，他幾次參加鄰邑課試，都是名列前茅。
　　寶祐六年（1258年），吳澄剛好10歲，開始懂得治學的根本。他努力攻讀大理學家朱熹編纂的《大學》、《中庸》等“四書”章句，每日誦習《大學》一二十遍，一直堅持了3年之久，在學業上取得了很大進展。后來，吳澄曾對學者談到自己這段經歷，他說：“吾幼時習詩賦，未盡見朱子之書，益業進士者不知用力于此也。十歲偶于故書中得《大學》、《中庸》章句讀之，喜甚，自是清晨必誦《大學》二十過者千余日，然后讀《中庸》及諸經，則如破竹之勢，略無凝滯矣。學者于《大學》得分曉，則《中庸》不難讀。”
　　景定二年（1261），吳澄13歲。他為了拓寬自己的知識領域，開始博覽諸子百家之書。時有麻沙新刻《古文集成》叢書，吳澄因家貧無錢購買，便想盡辦法從售書人那里借書來讀，時滿—月后便按時歸還。售書人曾問他：“你借的書都一本一本地讀完了嗎？”吳澄回答道：“你試抽書中的任何章節考考我吧！”售書人聽了，便隨意點出書中某頁某段文字，吳澄都能熟誦如流，沒有一字一句差誤。售書人十分驚異，深為這個少年的苦學精神所感動，當下便將一套《古文集成》叢書雙手送給了吳澄，勉勵他繼續用功讀書，立志將來出人頭地。一年以后，14歲的吳澄頭上挽著兩個小角丫，前往撫州郡學補試，本州儒士前輩見其文不凡，競相贊嘆。
　　景定四年（1263），吳澄十15歲，他已深知科舉之業不足致力，于是專務圣賢之學，伊然以圣人之道自任。有一天，他讀了朱熹的《訓子帖》，見到其中有“勤”、“謹”二字，如得面命而深為信服，認定這是“持養之要經，為學之大務”。隨即，吳澄揮筆寫下《勤》、《謹》二箴，又作《敬》、《和》二銘。《敬銘》有云：“把捉于中，精神心術；檢束于外，形骸肌骨。”《和銘》則極言周敦頤、程顥等學人風范以自勉。他常說：“吾讀《敬銘》，則使人心神收斂，百妄俱消，如在靈祠中，如立嚴師側，凄凄乎似秋，而不覺足之重手之恭也；讀《和銘》則使人心神怡曠，萬境俱融，有弄月吟風情，有傍花隨柳想，熙熙乎似春，而不知手之舞足之蹈也。”其后，吳澄還寫了《自修銘》、《自新銘》、《消人欲銘》、《長天理銘》）、《克己銘》、《悔過銘》、《矯輕銘》、《警惰銘》等等，可見他處處自我鞭策，時時自我激勵，其勤學篤行的功夫實可謂深矣！吳澄后來之所以成為元代一位儒學大師，與他早年的自覺修養、刻苦磨煉是分不開的。

師事二程
　　吳澄自從15歲立志專務圣賢之學以后，先后拜程若庸、程紹開為師，長期僻居鄉陋，孜孜于理學，“研經籍之微，玩天人之妙”，最終形成了自己的一家之說。　宋理宗景定五年（1264）秋天，吳澄陪同祖父前往撫州（治所在今江西臨川）參加鄉試。當時正遇上本州郡守邀請名儒程若府先生到臨汝書院講學，這可算是撫州儒學界的盛事。程若庸，宇逢原，安徽休寧人。他從學于饒魯（學者稱雙峰先生，為朱熹門人的“高弟”），得朱熹之傳。后歷任安定、臨汝、武彝三書院山長，學者宗之，稱勿齋先生，又稱微庵先生。著有《性理字訓講義》、《太極洪范圍說》等書傳世。景定時期正當南宋末造，士人大多以科舉之業為務，而程若府當時卻潛心于理學，獨以朱子之學傳授諸生。吳澄本來眼膺朱學，現在又仰慕程若庸之名，于是便去臨汝書院拜謁程先生。當他在書院外廳等待先生出來接見的時候，發現四壁粘滿揭帖，內容全是程若庸教誨學者之說，充分反映出程氏在理學方面的獨特見解。吳澄饒有興致地細看了一遍，又將壁間話語默記心上。他察覺程氏的一些說法并不完全符合朱熹學說，由此引起了他的懷疑和思索。過了一陣，程先生從書院內堂走出來了，吳澄立即迎上前去，拜謁之后，便向先生請教。其中問道：“如先生壁間之書，以大學為高明正大之學，然則小學乃卑小淺陋之學乎？”如此這般，一連質疑了好幾個問題。程若庸不禁贊嘆道：“吾處此久矣，未有如子能問者。吾有子曰仔復，與子年相若，可同學為友。”從此，吳澄向程若庸執弟子之禮，經常往來于程氏之門。程先生深知這位弟子于儒學必有所成，堅信其前途不可限量，而同門諸生有不少人卻未能真正了解吳澄。
　　宋度宗咸淳元年（1265），祖父臥病在床，吳澄侍奉湯藥，不離左右。這樣一連堅持了十多天，他毫無倦怠之色。祖父對吳澄的父親說道：“吾察此孫服勤晝夜不懈，而神氣有余，此大器也，可善教之！”吳澄從嬰兒時期開始，就一直受到祖父的特別喜愛。祖父經常夸耀小吳澄如何聰敏穎慧，以致使鄉里人都認為這位老人有譽孫之癖。這一年十二月，祖父因病情惡化而溘然長逝。吳澄遵循古禮，親自為祖父操辦喪事，凡事先稟告父親而后施行，一切細務處理得井井有條，鄉親們都稱贊他精明能于。
　　后來，吳澄又師事程紹開先生，通過往來問學，使自己在學業上更加精進。程紹開（1212—1280），字及甫，號月巖，廣信貴溪（今江西貴溪縣）人。寶祐四年（1256）曾伏闕上書萬言，指斥南宋時弊。至咸淳四年（1268）始中進士乙科，授從仕郎，差臨汝教授，調寧海軍節推，歷禮、兵部架閣。他曾自創道一書院，又主講象山書院，提倡合朱（熹）陸（九淵）兩家之說。吳澄繼師事程若庸之后，又跟從程紹開問學，深受其“和會朱陸”學說的巨大影響，后來成為元代理學界朱陸合流的代表人物之一。
　　吳澄轉益多師，注定他將來成為元代一位儒學大家。二程都是他的良師益友，二程之學也都是他的理學思想形成的重要淵源。如果說程若庸謹授程朱之學，使吳澄獲得“正學真傳”，從而在理學研究上打下了堅實基礎；那么，程紹開倡導“和會朱陸”，更啟迪他“深造自得”，從而形成了以折衷朱陸為特色的草廬學說。

接武朱熹
　　吳澄以圣賢之道自任，他并不只是滿足于學習圣賢之道，而更重要的是立志接武朱熹，最終躋身于圣賢之列。宋度宗咸淳三年（1267），19歲的吳澄作了《道統圖并敘》，闡明了儒家道統歷代承傳和發展的脈絡，公開以朱幕之后道統的接續者自居，充分表現出一位青年學者非凡的自信和自負。在寫給學者的書信中，他曾以“豪杰”比之于儒學“圣賢”，又“以紹朱子之統而自任”。他這樣說道：
　　天生豪杰之士不數也。夫所謂豪杰之士，以其知之過人，度越一世而超出等夷也。戰國之時，孔子之徒黨盡矣，充塞仁義若楊、墨之徒，又滔滔也。而孟子生乎其時，獨愿學孔子，而卒得其傳。當斯時也，曠古一人而已，真豪杰之士哉！孟子沒千有余年，溺于俗儒之陋習，淫于老、佛之異教，無一豪杰之士生于其問。至于周、程、張、邵，一時迭出，非豪杰其孰能與斯時乎？又百年而朱子集數子之大成，則中興之豪杰也。以紹朱子之統而自任者，果有其人乎？（虞集《吳公行狀》）　吳澄在這里高度評價孟子繼承儒家道統并將儒學發揚光大的歷史功績，隨即又明確指出在朱子之后尚無他人承傳道統，實際上自許為朱子之后一人而已。為此，他在這封書信中又接著說道：
　　澄之韶此時，惟大父家庭之訓，是聞以時文見知于人，未聞道也。及知圣賢之學，而未知能學也。于是以豪杰自期，以進于圣賢之學，而又欲推之以堯、舜，其君民而后已。實用其力于斯，豁然似有所見，坦然知其易行，而力小任重，因未敢自以為是，而自料所見愈于人矣。（同上）
　　吳澄這幾句委婉而又直露的話語，對于朱熹之后道統的承傳者，大有“當仁不讓”、“舍我其誰”之意，足見吳澄胸中抱負何等遠大。
　　此后，吳澄在經學上確實以接續朱熹為己任。他鑒于《孝經》因后儒穿鑿更改，真偽混雜，首先加以校正。朱熹曾說：《孝經》獨篇首六七章為本經，其后乃傳文，皆齊魯閑儒纂取左氏請書語為之傳者，又頗失其次第。吳澄謹遵朱子遺言。特據朱子刊誤以今文、古文校其同異，經增刪修訂，編成《孝經》善本傳世。同時，他又采集其他典籍中談論“孝”的文字，另外編成《孝經外傳》一書刊行于世。
　　這一年，吳澄又潛心研讀邵雍《皇極經世》一書，頗有所領悟。他不滿那些對《易經》抱著一知半解的人，往往流為術數之末，于是便以先天六十四卦分配一元之數，仔細推究歷代治亂相禪、興衰交替的緣由，從而撰寫了《皇極經世續書》。可惜后來因遭受兵火之災，該書竟至散佚不存。
　　咸淳六年（1270）八月，吳澄應撫州鄉貢，以《乾卦保合太和萬國咸寧賦》中第二十八名。次年春，他又奔赴京師應禮部試，不料名落孫山。吳澄雖然成了一個落事舉子，但并不灰心喪氣。他回到崇仁故里，精心整理舊作，編纂成書，題名為《私錄》。程若庸先生在此書后寫了一篇跋語，其中有云：“若庸來此二十二年，閱人多矣，未見年方弱冠而有此志量，有此工夫，廣大精微，無所不究，如晝方旦，何可量也。仆雖老不敢自棄，愿聞切磋語。”短短幾句話，高度評價了吳澄的淵博學識，充分肯定了他的著述成就。
　　當時，南宋日趨滅亡的征象已經越來越明顯。吳澄眼看國家衰敗，儒道凋敝，只好閑居家鄉，授徒講學。他修建了幾間簡陋的茅屋，作為自己安身之所，還特意在門窗上題辭曰：
　　抱膝梁父吟，浩歌出師表。
　　這顯然是取諸葛亮隱居待時之意，表示自己澹泊明志，寧靜致遠的胸襟抱負。然而南宋王朝的覆滅已成定局，沒過幾年便土崩瓦解了，可惜吳澄滿懷壯志，未得施展。學友程鉅夫深知吳澄當時的良苦用心，專門為他的茅屋題名曰“草廬”。從此以后，四方學者便稱吳澄為草廬先生。

隱居窮谷
　　元世祖至元十二年（1275），元兵攻陷江西，撫州淪為元人統治區。樂安縣丞黃西卿是一位忠義之士，他不愿降元做官，便攜帶全家避入深山窮谷，甘心忍饑挨餓，艱難度日。他素慕吳澄講學之名，特意邀請吳澄前去教授其子。吳澄出于對這位縣丞的敬仰，欣然應邀前往。于是在山中授徒講學，潛心著述，與黃西卿相處甚得。　至元十四年（1277），江西戰亂頻仍。吳澄侍奉父母雙親到處避難，很少有安居之日。后來，幸得鄉貢進士鄭松熱情相迎，于是一道隱居布水谷。鄭松（1235—1307），字特立，樂安（今江西樂安縣）人。南宋末年應鄉試中選，入無閑居不仕，專意研究經學。吳澄與鄭松共同結廬于布水谷中，二人每日以論學為事，可謂優游年歲，自得其樂。布水谷位于樂安之高山，上有田有池，群山外環，內有一道溪流直通懸崖飛瀑而出，其景致十分壯觀。谷中吳鄭兩人所居草廬，后人稱為古隱觀。
　　吳澄身居布水谷，雖簞食瓢飲。艱苦備嘗，但他一力纂次諸經，一日不曾懈怠。在短短幾年時間內，他注釋了《孝經》章句，校訂了《易》、《書、《詩》、《春秋》，修正了《儀禮》、《小戴禮記》、《大戴禮記》等，對儒學經典的整理和流傳作出了不可磨滅的貢獻。下面就諸書分別予以簡述，以便知其大概。

《易》
　　據《漢書·藝文志》載：《易》12篇，即包括經二傳十。自從魏晉諸儒分象象文言入經、而《易》非古，注疏傳誦者茍且因循以至于宋。宋代名儒呂祖謙通過精心考證，將《易》恢復其舊。而后朱熹沿用呂本，但對于書中文字闕衍謬誤，沒有來得及全面訂正。吳澄有鑒于此，特重加修訂。他采用呂祖謙古易本經文，每卦先列卦變主交，每交先列變交，次列象占。十翼也各分章數，其訓解各附句下，音釋考證于經則附于每卦之末，于傳則附于每章之末。

《書》
　　宋儒多疑古文《尚書》為偽書，從吳澄開始，專主今文《尚書》。吳澄以今文《尚書》25篇自成卷帙，以區別于古文《尚書》；又將原書各篇開頭的小序合并在一起，放在全書后一部分；至于孔安國的一篇序文，也附錄書末。此書雖專門闡釋《尚書》今文，但大多合于古義，實為其可取之處。

《詩》
　　自漢代以來，學者解說《詩經》，全都以《詩序》為本。尤其是毛公將《詩序》分置于各篇開頭，使后世讀者往往局限于只從序中去探索詩之大旨。對此，宋儒頗以為非，朱熹深斥其失而索性去掉序文。吳澄按照朱子所定，刪掉各篇開頭之序，以避免其混淆于《詩經》正文，使讀者便于以詩求詩，而不為序文所惑。至于詩篇次第，吳澄也酌情加以調整，使其編排更為合理。

《春秋》
　　吳澄認為，漢儒對于《春秋》三傳，專門守殘護缺，不能貫穿異同而有所去取；唐代啖助、趙匡、陸淳三位學者始能信經駁傳，多得其本義，但仍有若干失當之處。為此，吳澄將《春秋》再加審訂，編為七綱八十一目，解說以左氏為主，兼采諸家傳注，而參之以己見，旨在使讀者知道《春秋》史筆有一定之法，相信經文無不通之例，從而避免望文生義，誤解圣賢之言。

《儀禮》
　　吳澄深惜《儀禮》17篇尚不完備，于是從《禮記》、《大戴禮記》、《小戴禮記》以及鄭玄《三禮注》等廣泛攝拾，編成《儀禮逸經》8篇，即投壺禮、奔喪禮、公冠禮、諸侯遷廟禮、諸侯釁廟禮、礻帝于太廟禮、王居明堂禮。他又從《大戴禮記》、《小戴禮記》中采摭，編成《儀禮傳》10篇，即冠儀、婚儀、士相見儀、鄉飲酒儀、鄉射儀、宴儀、大射儀、聘儀、公食大夫儀、朝事儀。此書仿朱熹《儀禮經傳通解》之例，按照古人行禮之節次編纂經傳文字，其條理顯得較為縝密。

漫游講學
　　元世祖至元二十年（1283）冬，吳澄因父親身染重病，只得告別友人鄭松，離開布水谷，侍奉父親返回崇仁老家。次年五月，其父不幸病逝。吳澄哀毀骨立，竭其全力為父親辦理喪事，以盡孝子之道。
　　至元二十三年（1286），程鉅夫任江南行臺侍御史，奉皇帝之命四處訪求遺賢，凡發現德行高尚、才藝杰出的人，便由當地驛站立即派人護送入京拜見皇帝，以聽候封賞。這一年冬天，程鉅夫不辭辛苦，專程趕到撫州，命郡縣官吏親往慰問吳澄，并想方設法強求他出來做官。當郡縣官吏來到吳家的時候，吳澄再三聲稱母親年老，無人奉養，以此作為理由堅決推辭。最后，程鉅夫親自前來看望他，經過一番問寒問暖、敘舊談心之后，又十分懇摯地對吳澄說：“誠不肯為朝廷出，中原山川之勝可無一覽乎？”吳澄看到這位老學友一片誠心，實在推卻不過，只好答應與之同行，權作一次北上漫游。他將此事稟告母親游夫人，征得老人家同意，隨即整治行裝，與程鉅夫一道，于十一月向建昌路（今江西南城）出發。
　　次年春天，吳澄到達燕京（今北京市），與一班名士頻繁交往，彼此談經論學，相互切磋，倒也不虛此行。程鉅夫一攏京都，忙著把自己所薦賢士的名冊向皇帝上報復命。他原本答應吳澄，不將其列入推薦之列；但經過反復思考，總覺得人才難得，實在不忍心遺棄賢能之士。于是竟違背自己的諾言，特別把吳澄向皇上作了推薦。吳澄很快知道了此事，仍以母親年邁體衰為由，極力推辭。隨后收拾行李，決定獨自南歸。朝中公卿大夫素聞吳澄之賢，紛紛出面挽留，但吳澄執意離京。眾人無可奈何，便相率為吳澄餞行，席間賦詩送別，依依難舍。故宋宗室趙孟頫（當時召為兵部郎中）還手書朱熹與劉子暈所和詩三章，送給吳澄以作留念。目睹當時這種送別場面，無不令人為之感嘆。十二月，吳澄抵達崇仁故里。在沿途舟中，他觸景生情，揮筆寫下了《感興詩》25首。
　　至元二十五年（1288）初春，宜黃（今江西宜黃縣）吳東子修建了一座義塾，匾上題名曰“明新堂”，專為鄉里子弟提供讀書之便。他特地奉書聘請吳澄前往授徒講學，吳澄欣然應允。留寓塾中數月，吳澄不分朝夕，講學不倦；遠近學子登門受教，絡繹不絕。
　　同年秋，程鉅夫上疏朝廷說：“吳澄不愿仕，而所考《易》、《書》、《詩》、《春秋》、《儀禮》、《大戴禮記》、《小戴禮記》俱有成書，于世有益，宜取置國子監，令諸生經習，次第傳之天下。”朝廷采納了程矩夫的意見，于是移命江西行省派遣官員前往吳澄家中謄寫進呈，并下令地方政府對吳澄隨時給予優禮厚遇。
　　元成宗元貞元年（1295）八月，吳澄出游龍興西山（位于今江西南昌市郊）。江西湖東道肅政廉訪使司經歷官郝文得知這一消息，特地迎請吳澄入城，留居郡學講授《易經》。郝文本人詢阿《易經》疑難數十條，吳澄一一作答，其言深入淺出，透辟明晰，使郝文和在座學者大為嘆服。兩人對答之辭，由官吏從頭至尾記錄下來，題名曰《原理》，讓四方學者傳抄研習。
　　當時，南北土友前來問學者頗多。清河人元明善身任江西省椽，向以文學自負，經常屈其同座。這次聽說吳澄來到郡學，他也不甘寂寞，專撿有關《春秋》大義的數十條疑難問題請吳澄解說。吳澄不假思索，而對答如流，句句皆為領會至深之語。元明善聽了，有如醍醐灌頂，對《春秋》義理領悟了很多，但尚存些須疑點。吳澄因材施教，便指導他研讀《程氏遺書》和朱熹《近思錄》。元明善過去曾幾次讀過這兩種書，但直到現在經吳澄點撥，才知反復玩味而有所得。一天，他當面感謝吳澄說：“與吳先生言，如探淵海。先生之學，程、朱之學也，請執弟子禮終身！”隨后，城中士友及諸生紛紛請求由吳澄主講郡學，吳澄便為大家專題講授“修己以敬”章，滔滔萬余言，聽眾成百上千，多所感發。

官授師儒
　　掾元成宗元貞二年（1296），董士選身任江西行省左丞。經省椽元明善引見，他前往館塾拜望了吳澄，并詢問《春秋》經義和治亂之道，都得到了令人滿意的解答。董士選拱手告別了吳澄，與元明善同返官署。歸途中，他深有感慨地對元明善說：“吾平生所見士多矣，未有德容辭氣、援據經傳如吳先生者！”
　　大德元年（1297），董士選拜江南行臺御史中丞。次年進京朝見皇帝，改金樞密院事。他多次向朝廷推薦吳澄，但吏部遲遲未能采納他的意見。一日在都堂議事，董士選離座起立，對丞相愕勒哲和平章軍國重事博果密說道：“士選所薦吳澄，非一才一藝之能也。其人經明行修，論道經邦，可以輔佐治世，大受之器也。”丞相和平章軍國重事聽了，都說：“金院質實所薦，必天下士何疑焉！”事有不巧，平章軍國重事博果密改拜御史中丞，不久去世，未及任用吳澄。
　　大德五年（1301），董士選官拜御史中丞，又全力舉薦吳澄。于是，朝廷授吳澄為應奉翰林文字、登仕郎、同知制誥兼國史院編修官，并移命江西行省派遣官吏敦促吳澄赴京就職。董士選專門以個人名義寫了一封書信，再三勉勵吳澄應召出仕。吳澄當即復書，極力推辭不就。他在回信中說：
　　澄以古之賢人君子自期，則其出處進退必有道矣。不然，貪榮嗜進，亦若而人也，閣下奚取焉？愛人以德，成人之美，是所望于今之大臣宰相能如古人者；愛之以德而成其美，豈必其仕哉。康節邵先生詩云：“幸逢堯舜為真主，且教巢由作外臣。”澄雖不肖，愿自附于前修，成之者在閣下。
　　吳澄雖然一再陳情推卻，但迫于地方官吏三番五次催促，只得親自去京城向皇帝謝辭。等他抵達京都，已經有人先代其任，此事方才作罷。時值大德六年（1302）十月，吳澄本想立即動身返回故里，但河凍冰封，歸路難行，于是暫且滯留京都，再作打算。門人元明善朝夕侍奉吳澄，甚為勤謹。而朝中士大夫紛紛前來問學，吳澄一一為他們解惑釋疑。
　　大德七年《1303）春天，吳澄治裝南歸。御史中丞董士選抗章論奏朝廷有失待士之禮。他說：
　　應奉翰林文字吳澄，天稟高特，道業安成，不求用于時，隱居五十余載。至元間遣使求賢，同至者俱為按察，本官力以母老辭還。大德五年，舉本官有道之士，都省奏克前職，咨行省特遣之任，未至而吏部作不赴任闕。頃于本官無所加損，似失朝廷崇儒重道之意。
　　盡管言辭懇切，朝廷卻一時置若罔聞。吳澄于五月到達揚州江北，淮東道肅政廉訪使趙完澤以天氣暑熱為由，強行挽留吳澄暫居郡學，當時有中山王(王介)、河南張恒等學者登門受業。張恒等人就《孝經》若干疑難問題虛心請教，吳澄逐一進行解說，使之恍然大悟，獲益非淺。其后，淮東宣撫使沙卜珠(王介)、工部侍郎賈鈞、湖廣廉訪使盧摯、淮東金事趙瑛、南臺御史詹士龍以及元明善等達官名流，也紛紛具疏致幣，親率子弟趕到揚州，請謁吳澄拜師求學。
　　大德八年（1304）十月，吳澄回到崇仁故里。這時，朝廷有旨傳來，授他為將仕郎、江西等處儒學副提舉。次年，吳澄校定邵子（雍）之書，編次其目為（一）《皇極經世》12卷，為書62篇；附錄《觀物外篇》兩篇；（二）《漁樵問答》1卷，為書22章，附錄遺文6篇；（三）《伊川擊壤集》20卷，為詩1498首，附錄集外詩13首以及《后序》1卷。吳澄天資高明，早年已能領悟《易經》奧秘，所以對邵子之書考校詳實，編訂精審，有功于邵子之學可謂大也。與此同時，吳澄還精心校訂了郭璞《葬書》等古籍。
　　吳澄不愿出仕，遲遲未去上官。大德十年（1306），他決定漫游南岳衡山，四月到達袁州（治所在今江西宜春縣）。江西儒學提舉鄭陶孫聞知此事，立即派人致書，追請吳澄赴任。十月，吳澄被迫到官就任。次年正月，他突然染病，二月便告請到富州（治所在今江西豐城縣）就醫。在療養期間，吳澄又精心校訂了一《老子》、《莊子》以及揚雄《太玄》諸書，還與門人論及諸書之本旨，并辨正訛偽，而后著論立說。
　　元武宗至大元年（1308），新天子即位，廣求人才，詔授吳澄為從侍郎、國子監丞，并移命江西行省敦促赴官。次年六月，吳澄就任國子監丞，六館翕然歸向。最初，元世祖命北方名儒許衡出任國子監祭酒，開始以朱熹理學教授弟子。許衡告老以后，繼之者多是他的門人，還能烙守師法。但時間既久，師傳漸失，學者散漫無歸。而今吳澄一到，決心整治頹風，使諸生為學知其趨向。他每天拂曉便舉燭堂上，讓諸生依次受業，并各持所疑以質問。直至傍晚，他才退歸寓舍稍事休息，而諸生往往執經以從，隨時請教。吳澄根據清生才質之高下、識見之深淺而分別給予指導，使他們都能“刻意研窮，以究乎精微之蘊；反身克治，以踐乎進修之實。”吳澄就這樣諄諄教誨，循循善誘，朝夕講論，寒暑不廢，從而贏得了六館請生的衷心愛戴。他本來不愿出仕，但而今官授師儒，每日面對莘莘學子，確實也感到了為人師表、哺育英才的莫大快樂。
　　至大四年（1311）三月，元仁宗即位，罷尚書省。吳澄被改授文林郎，升國子監司業。原侍御史劉賡拜集賢學士兼國子監祭酒，他召集六館請生，反復告誡大家說：“朝廷徒以吾舊人，故自臺臣來領學事，主工作，新斯文之意甚重，吾豈敢當！司業大儒，吾猶有所質問，時不可失，師不易得，諸生其勉之！”
　　吳澄在國子監克盡職守，不負眾望。他采用宋代程顥《學校奏疏》、胡安國《大學教法》以及朱熹《貢舉私議》三者，加以斟酌取舍，專門制訂了四條教法：一曰經學，講授內容有《易》、《書》、《詩》、《儀禮》、《周禮》、《大戴禮記》，再附加《春秋》三傳，要求諸生各專一經，并須熟讀經文，旁通小學，融會諸家講說義理；二曰行實，教育諸生孝順父母，友愛兄弟，尊敬長輩，和睦宗親，厚待朋友，同情他人；三曰文藝，指導諸生學習古文和詩賦，要求人人能夠寫詩作文；四曰治事，為諸生講授有關選舉、食貨、禮儀、樂律、算法、吏文、星歷、水利等方面的知識，對他們加強能力培養。吳澄還未及施行這些教法，卻被同僚所嫉恨，于是產生了辭官退隱的想法。
　　元仁宗皇慶元年（1312）正月，吳澄告病辭歸。他登舟賦詩，留別各位僚友，眾人無不唏噓感慨。監學官當即命令屬吏及諸生數十人追至通州河上，再三懇留，吳澄執意不從。朝廷也專門遣使追留，終究未果。其時，六館諸生悵悵然如失父母一般，竟有未經合清而追隨吳澄南行者數人，從學幾年后北歸，全都中選高科，成為儒學名士。

窮究五經
　　吳澄到了晚年，更加專心致志，窮究“五經”。在總結數十年治經成果的基礎上，著力撰寫了《五經纂言》，完成了經學史上的一大壯舉，實現了他終生研究經學的宏愿。　元仁宗延祐三年（1316），吳澄漫游宜黃（今江西宜黃縣），入山留居五峰僧舍，歷時六月有余，修成《易纂言》。五年（1318）春，吳澄除集賢直學士，特升奉議大夫，朝廷當即委派集賢修撰虞集奉詔前往江西迎致。吳澄應召，于五月啟程，八月到達儀真（今江蘇儀征縣），突然疾病發作，不能前行，只得暫時滯留淮南。十一月寓居建康（今江蘇南昌市），修成《書纂言》以后返家。
　　元英宗至三年（1323），朝中元老大臣一致舉薦吳澄為當代天下儒士之冠，故有旨超授翰林學士、知制誥同修國史，進階太中大夫，并委派直省合人劉布囗齊奉敕前去聘召。舍人到了崇仁，代皇帝向吳澄殷勤致意，還說：“皇上固知先生年事已高，所以來召者，必欲見先生，宜毋以此為辭！”吳澄拜命即行，于五月抵達京師，六月入翰林院就任。七月，詔令吳澄撰寫《金書佛經序》，以資皇室追薦冥福之用。他頗有異議，后因皇帝駕崩而止。
　　泰定元年（1324）二月，朝廷采納江浙行省左丞趙簡的建議，大開經筵進講。中書平章政事張珪主持講席，分派吳澄擔任經學講官。三月，吳澄為泰定帝講述《中庸》“舜其大孝”章以及《資治通鑒》數條。由于他進講時言溫氣和，經旨敷暢，頗得古人勸講之體，因此使皇上聽后甚為滿意。七月，吳澄奉詔纂修《英宗實錄》。次年十二月，纂修事畢，吳澄又告病還鄉。
　　泰定三年（1326）。張掛上疏皇帝，懇請起用吳澄。他說：
　　翰林學士吳澄，心正而量遠，氣充而神和，博考于事物之賾而達乎圣賢之蘊，致察于踐履之微而極乎神化之妙，正學真傳，深造自得，實與末俗盜名欺世者霄壤不同。粵自布衣，一再收召，超擢學士，有識君子不以為過。前當講明創切，溫潤完厚，康健聰明，經學之師，當代寡二。雖蒙恩賜存撫，為禮甚優，然合召還，資其學問，良非小補。
　　于是，泰定帝下詔加授吳澄為資善大夫，仍任翰林學士，知制誥同修國史，但吳澄終究稱病未赴。
　　吳澄閑居故里，依然一如既往地精心研究“五經”，繼《易纂言》、《書纂言》之后，他又陸續修成了《詩纂言》、《春秋纂言》、《禮記纂言》、《易纂言外翼》等書。元順帝元統元年（1333）六月，吳澄不幸感冒得疾，家人延醫診治無效，歷時數日竟與世長辭。噩耗傳至朝廷，有旨加贈資德大夫、江西等處行中書省左丞上護軍，追封臨川郡公，謚曰文正。
　　吳澄終生治經，孜孜不倦，從年輕時校訂“五經”，到中年又“采拾群言”，“以己意論斷”，再“條加記敘”，并努力探索朱熹研究五經“未盡之意”，直至晚年方才修成《五經纂言》。除了《詩纂言》而外，其余《易纂言》、《書纂言》、《禮記纂言）、《春秋纂言》四種以及《易纂言外翼》、《儀禮逸經傳》、《孝經定本》、《道德真經注》等書，均為《四庫全書》所著錄。黃宗羲季子黃百家在《宋元學案·草廬學案》中評贊曰：“朱子門人多習成說，深通經術者甚少。草廬《五經纂言》，有功經術，接武建陽（朱熹），非北溪（陳淳，朱熹“高弟”之一）諸人可及也。”
　　的確如此，吳澄撰修《五經纂言》，在編次整理經文的同時，還特別對其內容從義理方面加以疏解，深入探討其微言大義，發明張大朱熹之說。他擺脫了漢唐局限于文字訓詁的治經方法，在五經研究上完成了由漢、唐的典制訓詁轉入宋元的義理疏注這一發展過程。毋庸置疑，這確是“朱子門人所不及”的經學成就。即使在元代，研究五經者雖然不乏其人，但唯有吳澄的成就最為顯著。

草廬學說
　　朱熹的學說對吳澄影響很大
　　吳澄與許衡同為元代名儒，當時號稱“北有許衡，南有吳澄”。許衡主要是承傳程、朱之學，而吳澄則主要是折衷朱、陸之學。《宋元學案·草廬學案》將吳澄列為“朱熹四傳”、“象山私淑”。全祖望說：“草廬出于雙峰（饒魯），固朱學也，其后亦兼主陸學”；“然草廬之著書，則終近乎朱”。（《宋元學案》卷92）吳澄，就其師授而言，當是朱學人物，所著《五經纂言》，也是“接武建陽（朱熹）”；但從其論學實際來看，吳澄又是元代“和會朱陸”的突出人物。對于朱、陸之學，他既看到了其相同的一面，也看到了其相異的一面，他企圖解決朱、陸之間的矛盾，進而和會朱、陸。在理學上，吳澄確實談了不少朱學的內容；但對于朱、陸的分歧，他又基本否定了朱熹的“道問學”論，而接受了陸學的本心論，提倡讀書問學當以陸象山的“尊德性”為本，這在一定程度上克服了朱熹哲學方法與體系的矛盾。因此，草廬學說是折衷朱、陸的產物。
　　以下分別從道統論、天道觀、心性說三個主要的方面，對吳澄的理學思想進行簡要的論析。
　　道統論儒家道統說，始于唐代古文家韓愈。韓愈為了辟佛反老，特提出儒家圣人傳道的道統。此說一倡，遂為后世儒家所祖述，道統也就成了儒學名流自謂得孔門心傳、以抬高自己身價的工具。程頤、朱熹、陸九淵等人就是如此，吳澄則更有甚之。他19歲作《道統圖》，便慨然以接武朱熹繼承道統自任。對于道統，吳澄曾有這樣的論述：
　　道之大原出于天，神圣繼之。堯舜而上，道之元也；堯舜而下，其亨也；誅泅鄒魯，其利也；鐮洛關閩，其貞也。分而言之，上古則羲皇其元，堯舜其亨，禹湯其利，文武周公其貞乎！中古之統，仲尼其元，顏曾其亨，子思其利，孟子其貞呼！近古之統，周子其元，程張其亨也，朱子其利也。孰為今日之貞乎？未之有也，然則可以終無所歸哉？（《元史·吳澄傳》）
　　從這段文字中，充分體現出吳澄道統論的幾個主要觀點：
　　其一，以天為道統之原。韓愈的道統始于堯舜，而吳澄則借用董仲舒“道之大原出于天”之說，視天為道統之原，堯舜繼之。這顯然反映了宋以來儒家的宇宙本體觀念。
　　其二，高度重視宋代理學。吳澄根據《周易》的元、亨、利、貞排列，把道統的發展過程分為上古、中古。近古三個歷史階段，每一階段又分為元、亨、利、貞四個小段；而特別把兩宋理學排在儒學發展的“近古”階段，亦即最后階段，處于終結之“貞”的最高位置。這表明吳澄對于兩宋理學的極端重視。
　　其三，一自我標榜為朱子傳人。吳澄在《道統圖》中，將近古理學階段從周敦頤發展到朱熹，按序排列為元、亨、利，而處于終結的“貞”卻有意留下一個空缺。顯然，吳澄的本心是想以“貞”自任，從而躋身于宋儒諸子之列，成為朱熹之后道統的繼承人。
　　天道觀探討太極、理、氣的內涵及其相互關系，是理學的基本內容。吳澄的天道思想，主要包括自然觀、太極與理氣論。關于天、地、日、月和人、物的形成，吳澄認為皆本于“一氣”。他曾經說過：
　　天地之初，混沌洪濛，清濁未判，莽莽蕩蕩，但一氣爾。及其久也，其運轉于外者，漸漸輕清，其凝聚于中者，漸漸重濁；輕清者積氣成象而為天，重濁者積塊成形而為地。天之成象者日月星辰也，地之成形者水火土石也。天包地外，旋繞不停，則地處天內，安靜不動，天之旋繞，其氣急勁，故地浮載其中，不陷不墮，歧伯所謂大氣舉之是也。天形正國如虛球，地隔其中，人物生于地上，地形正方如搏骰，日月星辰旋繞其外，自左而上，自上而右，自右而下，自下復左。（《吳文正公全集》卷1《原理》）
　　吳澄的所謂“氣”具有實體性，是形成天地人物的質料。這種認識應當說具有一定的唯物論因素。
　　然而，吳澄并未把“氣”作為宇宙的本原，而將宇宙本原另屬之于“理”和太極。對于氣與理的關系，吳澄認為：“自未有天地之前至既有天地之后，只是陰陽二氣而已。本只是一氣，分而言之則日陰陽，又就陰陽中細分之，則為五行，五行即二氣，二氣即一氣。氣之所以能如此者何也？以理為之主宰也。理者非別有一物在氣中，只是為氣之主宰者即是，無理外之氣，亦無氣外之理。”（《吳文正公全集》卷2《答人問性理》）吳澄認定理是氣的主宰者，但它又寓于氣中，理氣不可分割。
　　關于理和太極的關系，吳澄則視理為太極，為精神本體。在他看來，天地生滅，人銷物盡的變化反復，統統是由于“太極為之”。太極之所以能起到主宰宇宙的作用，是由于它本身包含的動靜之理，能隨“氣機”之動靜而動靜。但太極本身又是“沖漠無朕，聲息泯然”，“無增無減，無分無合”。可見，吳澄是把太極作為宇宙的本原，而太極本身卻是一個寂然不動的絕對體，這種宇宙觀無疑屬于唯心主義的范疇。
　　再進一步，吳澄還把太極等同于天、帝、神、命、性、德、仁等范疇。按照他的解釋，太極就其“全體自然”而言叫做天，就其“主宰造化”而言叫做帝，就其“妙用不測”而言叫做神，就其“賦與萬物”而言叫做命，再就“物受以生”而言叫做性，得此性便叫做德，就其“具于心”而言叫做仁。如此一來，吳澄的所謂“太極”，不僅是宇宙的本體，是普照天地的萬能神，而且它還具有道德的屬性，是人生最高的理想和極則，也就是天理。
　　心性說人如何認識天理，并做到與之合一，這是理學家們研究的重要課題。朱熹是持之以格物，陸九淵是持之以本心，而吳澄則是“和會朱陸”，形成了自己的心性說。