北京婦產醫院創建于1959年6月，其前身是直屬中央衛生部的北京市立婦幼保健實驗院，我國著名婦產科專家林巧稚擔任醫院首任院長。1983年被世界衛生組織（WHO）批準為圍產保健研究和培訓合作中心，1998年更名為母嬰和婦女保健研究及培訓中心，1992年成為我國首批符合國際標準的愛嬰醫院之一，1994年被首都醫科大學批準為首都醫科大學附屬北京婦產醫院，同年建立了婦產科學碩士研究生培養點，2000年成為首都醫科大學婦產醫學院。2002年6月由北京市政府投資興建的集北京婦產醫院、北京市婦女保健所、北京市兒童保健所、北京市計劃生育技術研究指導所功能為一體的東院區在朝陽區姚家園路落成。醫院隨之更名為首都醫科大學附屬北京婦產醫院北京婦幼保健院。從此為一院兩址。2002年成為首都醫科大學婦產科博士生培養點，2005年成為首都醫科大學婦產科學系掛靠單位，住院醫師規范化培訓基地。先后成為遺傳診斷研究中心、北京市產前診斷中心、北京市高危孕產婦會診中心、北京市新生兒疾病篩查中心。2006年成立北京市婦科微創診治中心，2007年成為衛生部婦科內鏡診療技術培訓基地，2008年成為北京市中醫藥管理局中西醫結合婦科重點學科，2010年產科、婦科被衛生部評為國家臨床重點專科項目建設單位，2010年成為衛生部圍產營養項目示范中心。2014年成為國家級住院醫師培訓基地，2016年成立博士后流動站。2020年獲批“國家更年期保健特色專科建設單位”。目前，年門、急診量達120多萬人次、住院34000多人次、出生新生兒14000余名。 經過64年的建設，醫院已從建院當年的產科、婦科兩個臨床科室，發展為有圍產醫學部、新生兒科、母胎醫學科、產前診斷中心、婦科、婦科微創中心、婦科腫瘤科、計劃生育科、生殖醫學科、內分泌科、中醫科、放射科、超聲科、檢驗科、圍產保健管理科、新生兒疾病篩查管理科、婦女保健科等30多個醫療、醫技、保健科室的三級甲等婦產專科醫院。