醫院于1956年由上海醫學院兒科系遷渝創建，是集醫教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫院，國家兒童區域醫療中心（西南）、國家一流本科建設單位、國家臨床醫學研究中心。國家發改委優質醫療資源輸出單位。醫院以提高兒童健康水平和促進兒科醫學事業發展為宗旨，以科教引領和仁心仁術護佑兒童健康為核心理念，以建設國內一流，國際先進，集醫療、教學、 科研、仁愛為一體的兒童醫學中心為發展目標；堅持以國家需求為導向、以學科建設為引領、以組織績效目標管理為主線，推進醫療、教學、科研和管理全面發展。醫院是國家兒童區域醫療中心。現有渝中院區和兩江院區兩個院區，共編制床位2480張。兒童重癥醫學、小兒呼吸科、新生兒科、小兒外科、兒科臨床護理獲國家臨床重點專科建設項目。罕見病（PID）診治技術、肝移植技術、臍帶血造血干細胞治療技術、先天性心臟病介入診療技術、介入肺科學技術、兒童癲癇手術、微創外科手術、極低出生體重兒綜合救治及HIFU治療兒童實體腫瘤等技術均達國家一流水平。