中心成立于2004年，隸屬菏澤市衛生健康委員會領導下的全額事業單位，承擔了原市衛生防疫站在疾病預防控制和衛生監測檢驗等方面的工作。中心設有7個管理科室，12個業務科室。市疾控中心加掛市預防醫學研究所、市衛生監測檢驗中心牌子，是山東第一醫科大學、菏澤醫專公共衛生專業學生實習基地。中心主要職責：完成國家、省下達的重大疾病預防控制的指令性任務，實施疾病預防控制規劃、方案，組織開展本地疾病暴發調查處理和報告；負責轄區內預防性生物制品管理，組織、實施預防接種工作；調查突發公共衛生事件的危險因素，實施控制措施；開展常見病原微生物檢驗檢測和常見毒物、污染物的檢驗鑒定；開展疾病監測和食品衛生、職業衛生、放射衛生和環境衛生等領域健康危害因素監測，管理轄區疫情及相關公共衛生信息；承擔衛生行政部門委托的與衛生監督執法相關的檢驗檢測任務；組織開展健康教育與健康促進；負責對下級疾病預防控制機構的業務指導、人員培訓和業務考核；指導轄區內醫療衛生機構傳染病防制工作。