中心現有正式職工104人，內設辦公室、人教科、檢驗科、計免科、艾滋病防治科、疫情信息科、急性傳染病防治科、慢性病防治科、職業病防治科、結核病防治科、公共衛生科、宣教科、地方病科、疫苗管理科、體檢中心、美沙酮替代治療門診、預防接種中心；下設相山、杜集、烈山、三區疾控分中心。現有房屋建筑面積6070平方米，其中實驗室面積2584平方米。淮北市疾控中心近年獲得各類省級、國家級榮譽20余項，并在2010年獲得由國家衛生部、藥監局、醫管局連合下文的全國醫藥衛生先進集體、省科技廳乳與乳制品中三聚氰酸檢測方法科技成果獎、省性病疫情管理優秀獎、省禁毒工作先進集體、全國HIV-1病毒載量檢測能力驗證證書、全省艾滋病檢測實驗室質量考評優秀、艾滋病病毒感染者/病人管理工作質量獎等榮譽。中心擁有萬元以上各類檢驗檢測設備78臺件，如氣相色譜儀、氣相色譜質譜聯用儀、高效液相色譜儀、超高效液相色譜三重四極桿質譜聯用儀、原子吸收分光光度計、原子熒光分光光度計、流式細胞儀、病毒載量儀、全自動生化分析儀、半自動核酸提取儀等大型儀器設備。通過省級計量認證，現在可開展食品安全、飲水安全、職業安全、傳染病、衛生細菌學、健康體檢等方面檢測項目280余項。