嘉興市疾病預防控制中心（掛嘉興市精神衛生指導中心、嘉興市職業病危害預防中心）成立于2001年，是集疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康（含精神衛生健康）相關因素信息管理、職業病防治、健康危害因素監測與干預、食品安全風險監測與評估、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與健康促進、公共衛生技術管理與應用研究指導等工作為一體的市屬公益一類事業單位。中心內部設有辦公室（基本公共衛生服務項目辦）、黨辦、傳染病預防控制科（應急辦）、慢性非傳染性疾病預防控制科、免疫規劃及相關疾病預防控制科、艾滋病性病結核病預防控制科、健康教育科（精神衛生科）、環境與健康科（職業健康與輻射防護科）、營養與食品衛生科（學校衛生科）、理化檢驗科（質管科）、微生物檢驗科11個科室，另有預防醫學門診部、嘉興市精神性疾病防治（心理衛生）辦公室、嘉興市心腦血管病防治辦公室、嘉興市腫瘤防治辦公室、嘉興市糖尿病防治辦公室、嘉興市眼病防治辦公室、嘉興市口腔疾病防治辦公室等7個附設機構。中心現有工作用房11275平方米，其中實驗室用房5134平方米。設有專病實驗室（艾滋病、流感、結核）、檢驗實驗室（細胞、PCR、免疫、細菌）、微生物實驗室（細菌、綜合）等病原微生物實驗室和理化分析實驗室，是國家流感監測網絡實驗室、致病菌識別網網絡實驗室、艾滋病分子監測網絡實驗室和食品安全風險監測機構，擁有全自動病毒載量檢測系統、液相芯片分析儀、自動核酸提取儀、熒光定量PCR儀、氣-質聯用儀、原子吸收分光光度計、原子熒光分光光度儀、超高效液相色譜儀、氣相色譜儀、離子色譜儀、電感耦合等離子體-質譜聯用儀、高效液相色譜-質譜等專業設備。具有實驗室計量認證資質證書，具備了對外提供公正性檢驗數據的資質，至2022年共通過計量認證項目達22大類632項；2021年中心通過了浙江省職業衛生技術服務機構現場評審。先后創建了嘉興市病原微生物檢測重點實驗室、嘉興市醫學重點學科（衛生檢驗學）、浙江省動物實驗平臺等科研創新團隊或平臺。